Erinevus BLAST ja FastA vahel

võtme erinevus see on BLAST ja FastA vahel BLAST on põhiline joondamisriist, mis on saadaval riikliku biotehnoloogia teabekeskuse veebisaidil, samas kui FastA on sarnasuse otsimise tööriist, mis on saadaval Euroopa bioinformaatika instituudi veebisaidil.

BLAST ja FastA on kaks tarkvara, mida kasutatakse laialdaselt erinevate liikide DNA, aminohapete, valkude ja nukleotiidide bioloogiliste järjestuste võrdlemiseks ja nende sarnasuste otsimiseks. Need algoritmid olid kirjutatud kiirust silmas pidades. Sest kui teadlased suutsid 1980. aastate keskel laboratooriumis DNA isoleerida, tekitas see vajaduse võrrelda ja leida identsed geenid edasiseks uurimiseks suure kiirusega. Seetõttu töötati need kaks tarkvara välja nii, et kasutaja saab kiiresti otsida sarnaseid jadasid oma päringujadadega.

BLAST on lühend sõnadest Põhiline kohaliku joondamise otsingutööriist ja kasutab kahe järjestuse võrdlemisel lokaliseeritud lähenemist. FastA on tarkvara, mis viitab kiirele A-le, kus A tähistab kõiki. Siin töötab tarkvara selliste tähestikega nagu Fast A DNA sekveneerimiseks ja Fast P valkude jaoks. Nii BLAST kui ka FastA on mis tahes genoomi andmebaasi võrdlemisel väga kiired ja on seetõttu rahaliselt ning aja kokkuhoiu mõttes väga elujõulised.

SISU

1. Ülevaade ja peamised erinevused
2. Mis on BLAST
3. Mis on FastA?
4. BLASTi ja FastA sarnasused
5. Võrdlus kõrvuti - tabel tabelina BLAST vs FastA
6. Kokkuvõte

Mis on BLAST?

BLAST on üks kõige laialdasemalt kasutatavaid bioinformaatikatarkvarasid, mis töötati välja 1990. aastal. Sellest ajast alates on see NCBI saidil kõigile kättesaadav. Lisaks sellele pääseb sellele tarkvarale juurde ja seda saab kasutada igaüks. Lisaks on BLAST tarkvara, mis vajab sisendandmeid või jadasid FastA-vormingus. Kuid see annab väljundandmeid lihtteksti-, HTML- või XML-vormingus. BLAST töötab põhimõttel, kus otsitakse kahe jada vahel lokaliseeritud sarnasusi ja loetletakse sarnaste jadade lühiloend ning seejärel otsitakse lähikonnas sarnasusi.

Joonis 01: BLAST tulemused

Seega otsib see tarkvara arvukalt sarnaseid kohalikke piirkondi ja annab tulemuse künnisväärtuse saavutamisel. See protsess erineb aga varasemast tarkvarast, mis otsib kõigepealt kogu jada ja seejärel võrdluse läbi ning võttis seetõttu palju aega.

Lisaks ülaltoodud sarnasuse kontrollimisele on BLAST-il palju muid kasutusvõimalusi, näiteks DNA kaardistamine, eri liikide kahe identse geeni võrdlemine, fülogeneetilise puu loomine jne..

Mis on FastA?

FastA on valkude järjestuste joondamise tarkvara. David J. Lipman ja William R. Pearson kirjeldasid seda tarkvara 1985. aastal. Ehkki selle tarkvara alguses kasutati ainult valgujärjestuste võrdlemiseks, suutis selle modifitseeritud versioon võrrelda ka DNA järjestusi. Siin kasutab see tarkvara põhimõtet leida kahe järjestuse vahel statistiliselt sarnasus. See sobib DNA või valgu ühe järjestusega teise järjestusega kohaliku järjestuse joondamise meetodil.

Joonis 02: FastA

Siiski otsitakse sarnasusi kohalikest piirkondadest, kuid mitte kahe jada vahel kõige paremat vastet. Kuna see tarkvara võrdleb kohati lokaliseeritud sarnasusi, võib see ette tulla ka ebakõladega. Järjestuses võtab FastA väikese osa, mida tuntakse kui k-tuples, kus tuples võib olla 1 kuni 6 ja need vastavad teise jada k-tuples. Vastavusprotsessi lõpus, kui see jõuab läviväärtuseni, annab see tulemuse.

Millised on BLASTi ja FastA sarnasused??

• BLAST ja FastA on bioinformaatika tööriistad, mida kasutatakse valkude ja DNA järjestuste sarnasuste võrdlemiseks.
• Samuti kasutavad mõlemad programmid jadade võrdlemiseks punktistrateegiat.
• Lisaks annavad mõlemad tööriistad väga täpsed tulemused.

Mis vahe on BLAST ja FastA vahel??

BLAST on vahend bioloogiliste järjestuste sarnasuse kontrollimiseks. Teisest küljest on FastA veel üks programm, mis hõlbustab valkude ja DNA järjestuste sarnasuse kontrollimist. Võrreldes FastA-ga on BLAST tarkvara väga populaarne, kuna see annab täpsemaid ja kiiremaid tulemusi. Seega on see erinevus BLAST ja FastA vahel. Lisaks on erinevalt FastA-st BLAST-programm vastavalt kasutaja vajadustele muudetav. Seetõttu on see teine ​​erinevus BLASTi ja FastA vahel.

Allpool toodud infost BLASTi ja FastA erinevuse kohta leiate lisateavet.

Kokkuvõte - BLAST vs FastA

BLAST ja FastA on kaks programmi, mis võimaldavad kasutajal võrrelda oma päringujada olemasolevates andmebaasides sisalduvate järjestustega ja kontrollida sarnasusi. FastA algne eesmärk oli võrrelda ainult valgujärjestusi. Kuid selle tarkvara modifitseeritud versioon hõlbustab nii valkude kui ka DNA järjestuste võrdlemist. Ehkki FastA on hea tarkvara, kasutab enamik inimesi joondamise tööriista BLAST, kuna see on populaarsem ning annab täpsemaid ja kiiremaid tulemusi kui FastA. Samuti on BLAST-i tööriist vastavalt kasutaja nõudmistele modifitseeritav. Lühidalt võtab see kokku erinevuse BLAST ja FastA vahel.

Viide:

1.Madden, Thomas. „BLAST-i jadade analüüsi tööriist.” Praegune neuroloogia ja neuroteaduse aruanne., USA Riiklik Meditsiiniraamatukogu, 15. märts 2013. Saadaval siin 

Pilt viisakalt:

1. "CCDC132 lööklaine tulemused", autor NCBI Blast - NCBI lööklaine, (avalikus omanduses), Commonsis Wikimedia  
2. “FAM149A reklaamija piirkond (FASTA vorming)” LarsonGCD poolt - Oma töö, (CC BY-SA 3.0) Commonsi Wikimedia kaudu