Erinevus cDNA ja genoomse raamatukogu vahel

Peamine erinevus - cDNA vs genoomikogu
 

On olemas kaks peamist tüüpi DNA raamatukogu, mille teadlased on ehitanud geenitehnoloogia abil. Need on cDNA raamatukogu ja genoomi raamatukogu. võtme erinevus cDNA ja genoomikogu vahel on see cDNA raamatukogu sisaldab organismi kogu mRNA kloonitud komplementaarset DNA-d, samas kui genoomse DNA raamatukogu sisaldab organismi kogu genoomi kloonitud fragmente. Genoomse DNA raamatukogu on suurem kui cDNA raamatukogu.

SISU
1. Ülevaade ja peamised erinevused
2. Mis on cDNA raamatukogu
3. Mis on genoomikogu?
4. Kõrvuti võrdlus - cDNA vs genoomikogu
5. Kokkuvõte

Mis on genoomikogu??

Genoomse DNA raamatukogu on kloonide kogum, mis sisaldab organismi kogu genoomse DNA fragmente. See sisaldab kogu selle organismi genoomset DNA-d, sealhulgas kodeerivaid ja mittekodeerivaid järjestusi. Genoomi raamatukogu konstrueerimine toimub rekombinantse DNA tehnoloogia abil, millele järgneb kloonimine (geenitehnoloogia). Konstruktsioon hõlmab erinevaid etappe, nagu on näidatud joonisel 01. Protsess algab genoomse DNA eraldamisega. Sobiva DNA ekstraheerimise protokolli abil tuleks eraldada organismi kogu genoomne DNA. Seejärel tuleks DNA muundada kontrollitavates suurustes või spetsiifilisteks fragmentideks restriktsiooni endonukleaaside (DNA lõikavad ensüümid) abil. Fragmenteeritud DNA tuleks sisestada vektoritesse, kasutades DNA ligeerimisi (ensüüme ühendav DNA). Vektor on isetasanduv organism. Plasmiidid ja bakteriofaagid on rekombinantse DNA tehnoloogias tavaliselt kasutatavad vektorid. Neid ligeeritud vektoreid tuntakse rekombinantsete DNA molekulidena, kuna need kannavad nii enda kui ka sisestatud DNA järjestusi. Rekombinantsed vektorid lisatakse peremeesbakterile ja valmistatakse rekombinantsete vektorite omastamiseks bakterirakku. Rekombinantsete vektoritega (plasmiididega) baktereid tuleks kasvatada söötmes. Bakterite paljunemise ajal paljunevad bakteriaalsed DNAd koos rekombinantsete plasmiididega nende genoomides ja tekitavad kloone. Need kloonid sisaldavad kogu lähteorganismi genoomi. Seetõttu nimetatakse seda genoomseks raamatukoguks. Plasmiide ​​saab bakteri kromosomaalsest DNA-st kergesti eraldada, et luua selle organismi genoomne raamatukogu. Kui konkreetne organism sisaldab huvipakkuvaid geene, on seda genoomiraamatukogus lihtne tuvastada hübridiseerimise teel, kasutades molekulaarseid proove (markereid).

Genoomiraamatukogud on olulised genoomi struktuuri ja funktsiooni, spetsiifiliste geenide, geenide asukoha, geenide kaardistamise, mutatsioonide, geenide järjestamise, uudsete terapeutiliste geenide tuvastamise uurimiseks..

Joonis_1: genoomse raamatukogu ehitamine

Mis on cDNA raamatukogu?

CDNA raamatukogu on komplementaarsete DNA (cDNA) kloonide kogum, mis on sünteesitud organismi kogu mRNA-st. Ehitusprotseduur hõlmab erinevaid etappe. Esimene samm on kogu mRNA puhastamine organismist. Eraldatud mRNA muundatakse cDNA ahelateks pöördtranskriptsiooniks kutsutud protsessi abil. Pöördtranskriptsiooni hõlbustab ensüüm, mida nimetatakse pöördtranskriptaasiks. See kasutab väikest 3 'praimerit ja käivitab matriitsi mRNA ahelaga komplementaarse esimese cDNA ahela sünteesi. Saadud kaheahelaline cDNA muundatakse restriktsiooni endonukleaaside abil väiksemateks fragmentideks ja sisestatakse sobivatesse vektoritesse. Need konstrueeritud rekombinantsed molekulid lisatakse seejärel peremeesorganismi ja kasvatatakse söötmes kloonide saamiseks. Organismi cDNA fragmente sisaldavate kloonide kogu on tuntud kui cDNA raamatukogu. Täielikult viilutatud küps mRNA ei sisalda introne ja regulatoorseid piirkondi. Seetõttu ei esine mitte-kodeerivaid fragmente cDNA raamatukogudes erinevalt genoomikogust.

cDNA raamatukogud on olulised kodeerivate piirkondade, geenifunktsioonide, geenide ekspressiooni jms analüüsimisel.

Joonis_2: cDNA raamatukogu ehitamine

Mis vahe on cDNA ja genoomikogu vahel??

cDNA vs genoomikogu
cDNA raamatukogu on kloonide kogum, mis kannab organismi mRNA komplementaarset DNA-d	Genoomne raamatukogu on kloonide kogum, mis sisaldab organismi kogu genoomset DNA-d.
Kodeerimine vs mittekodeerivad järjestused
cDNA raamatukogu sisaldab ainult kodeerivaid järjestusi; see ei sisalda introneid.	Genoomi raamatukogu koosneb kogu genoomsest DNA-st, sealhulgas mittekodeeriv (intronid ja regulatiivne) DNA.
Suurus
cDNA raamatukogu on väike.	Genoomi raamatukogu on suur.
Algmaterjal
Lähteaineks on mRNA	Lähtematerjal on DNA.
Pöördtranskriptsiooni kaasamine.
Pöördtranskriptsioon toimub esimeses cDNA ahela sünteesis.	Pöördtranskriptsiooni ei toimu.

Kokkuvõte - cDNA ja genoomikogu

Genoomne raamatukogu esindab kloonide populatsiooni, mis kannab organismi killustatud genoomset DNA-d. cDNA raamatukogu esindab organismi kogu mRNA komplementaarset DNA-d kandvate kloonide populatsiooni. CDNA kloon sisaldab ainult mRNA-s leiduvaid järjestusi, samas kui genoomne kloon sisaldab kogu genoomi järjestusi. See on erinevus cDNA ja genoomse raamatukogu vahel.

Viide:
1. Haneef, Deena T KochunniJazir. "Erinevus genoomi ja cDNA raamatukogu vahel." Erinevus genoomse ja cDNA raamatukogu vahel. N.p., n.d. Võrk. 15. veebruar 2017
2. Stekel, Dov J., Yoav Git ja Francesco Falciani. "Mitme cDNA raamatukogu geeniekspressiooni võrdlus." Geenivaramu uurimine. Cold Spring Harbor Laboratory Press, detsember 2000. Veeb. 16. veebruar 2017
3. "Escherichia coli n-butanoolitaluvusega seotud geenide raamatukogu ekraanid." Escherichia coli n-butanoolitaluvusega seotud geenide raamatukogu ekraanid. N.p., n.d. Võrk. 16. veebruar 2017

Pilt viisakalt:
1. PhD Dre “cDNA raamatukogu moodustamine” ingliskeelses Vikipeedias (CC BY-SA 3.0) Commons Wikimedia kaudu
2. Aluquette'i “Geenivaraamatukogu ehitus” - Omad tööd (CC BY-SA 3.0) Commons Wikimedia kaudu