Kalade ja CGH erinevus

võtme erinevus FISHi ja CGH vahel on see FISH on molekulaartehnika, mis tuvastab spetsiifilise DNA järjestuse kromosoomis fluorestsentsmärgistatud sondide abil, samal ajal kui CGH on veel üks molekulaarne tsütogeneetiline tehnika, mis tuvastab muutused genoomses DNA-s.

Tsütogeneetiline analüüs mängib meditsiinis olulist rolli selliste kromosomaalsete kõrvalekallete nagu aneuploidsused, deletsioonid, dubleerimised ja ümberkorraldused jne tuvastamisel. Kromosomaalsed kõrvalekalded põhjustavad lõpuks geneetilisi haigusi nagu vähk, viljatus, Downi sündroom, Klinefelteri sündroom, Turneri sündroom, leukeemia jne. Eespool nimetatud defektide ja haiguste tuvastamiseks on olemas erinevad molekulaarsed tsütogeneetilised meetodid. Nende hulgas on FISH (fluorestsentsiga in situ hübridisatsioon) ja CGH (võrdlev genoomne hübridisatsioon) kaks võimsat hübridiseerimise tehnikat. Kuid mõlemal meetodil on plusse ja miinuseid.

SISU

1. Ülevaade ja peamised erinevused
2. Mis on KALAD 
3. Mis on CGH
4. KALADE ja CGH-i sarnasused
5. Võrdlus kõrvuti - FISH vs CGH tabelina
6. Kokkuvõte

Mis on KALAD?

FISH on nukleiinhapete hübridisatsioonimeetod, mida viiakse läbi kogu koe või rakkude koepiirkonnas. See on sondipõhine meetod. Meetod sõltub Watson Cricki komplementaarse aluse sidumise teooriast, mille tulemuseks on kas DNA - DNA hübriidid või DNA - RNA hübriidid, mis võimaldavad tuvastada muteerunud geene või tuvastada huvipakkuva geeni. Lisaks kasutab see tehnika üheahelalisi DNA järjestusi, kaheahelalisi DNA järjestusi, üheahelalisi RNA järjestusi või sünteetilist oligonukleotiidi, mis on valmistatud hüüdtranslatsiooni abil proovidena, mis täiendavad huvipakkuvaid geenijärjestusi. Lisaks on selle tehnika kõige olulisem omadus sondide märgistamine fluorestsentsvärvainetega. Seega seostuvad sondid kromosoomi komplementaarsete osadega ja muudavad selle tuvastamise lihtsaks.

Lisaks on FISH väga tundlik ja spetsiifiline meetod. Seega on see pahaloomuliste kasvajate ja tahkete kasvajate uurimisel ja diagnoosimisel tavaline tehnika. Kuid FISH näitab madalat eraldusvõimet. Sondijärjestuste kujundamiseks on vaja ka eelteadmisi sihtmärgi kõrvalekalde kohta.

Joonis 01: KALAD

FISH-i on palju rakendusi, peamiselt nakkushaiguste molekulaardiagnostikas patogeenide olemasolu tuvastamiseks ja patogeeni kinnitamiseks molekulaardiagnostika abil. Lisaks on FISH arengubioloogia, karüotüpiseerimise ja fülogeneetilise analüüsi ning kromosoomide füüsilise kaardistamise valdkonnas laialdaselt kasutatav tehnika..

Mis on CGH?

Võrdlev genoomne hübridisatsioon (CGH) on veel üks DNA-põhine molekulaarne tsütogeneetiline tehnika, mis võimaldab tuvastada genoomsete DNA järjestuste muutusi. Meetod on täiustatud meetod, mille abil saab analüüsida kromosoomi ja geeni modifikatsioone, et tuvastada muutusi või muutusi genoomses DNA järjestuses. Lisaks nõuab CGH DNA eraldamist ja fragmenteerimist katseproovist ja võrdlusproovist. Seejärel tuleks proovid märgistada kahe erineva fluorestsentsvärviga (tavaliselt punane ja roheline). Hiljem segatakse mõlemad proovid ja lastakse hübriidida. Viimane samm on proovide analüüsimine DNA muutuste osas, näiteks geeni dubleerimine, geenikaotus jne. Mõõdab eriti uuritava ja kontrollproovi DNA koopiate arvu erinevusi..

Joonis 02: CGH

CGH-i teine ​​versioon on nüüd saadaval; see on arenenum meetod kui tavaline CGH. See on tehnika, mida nimetatakse massiivipõhiseks CGH või aCGH. aCGH võimaldab ühes katses täpselt tuvastada geeni või järjestuse deletsioone tuhandetes järjestustes.

Millised on KALADE ja CGHi sarnasused??

• FISH ja CGH on kaks molekulaarset tehnikat.
• Nii FISH kui ka CGH tuginevad nukleiinhapete hübridiseerumisele.
• Samuti vajavad mõlemad meetodid konstrueeritud sonde spetsiifiliste DNA sihtmärkide tuvastamiseks.
• Me kasutame neid geneetiliste haiguste prenataalseks ja postnataalseks diagnoosimiseks.
• Lisaks on nii FISH kui ka CGH väga tõhusad vahendid genoomsete muutuste uurimiseks.
• Sondide märgistamiseks kasutavad nad fluorestsentsvärve.

Mis vahe on KALA ja CGH vahel??

KALAD on in situ hübridisatsiooniprotseduur, milles spetsiifiliste DNA järjestuste tuvastamiseks kasutatakse fluorestsentssondide kasutamist, samal ajal kui CGH on molekulaarse hübridiseerimise tehnika, mis tuvastab genoomsete DNA järjestuste muutused. Niisiis, see on peamine erinevus FISHi ja CGH vahel.

Veelgi enam, FISH nõuab sondijärjestuste kavandamiseks eelnevaid teadmisi sihtmärgi kõrvalekalde kohta, samal ajal kui CGH ei vaja eelteadmisi. Veel üks erinevus FISH ja CGH vahel on see, et FISH eraldusvõime on piiratud, samas kui aCGH on kõrge eraldusvõimega.

Allpool toodud infograafik võtab kokku erinevused FISHi ja CGH vahel.

Kokkuvõte - KALAD vs CGH

FISH ja CGH on kaks molekulaarset tsütogeneetilist tehnikat, mis hõlbustavad huvipakkuvate geenijärjestuste tuvastamist. FISH hõlbustab spetsiifilise DNA järjestuse tuvastamist kromosoomis, kasutades fluorestsentsmärgistatud sonde, samal ajal kui CGH hõlbustab genoomse DNA muutuste tuvastamist. Niisiis, see on peamine erinevus FISHi ja CGH vahel.

Viide:

1. “Fluorestsents olukorras hübridiseerumisel (FISH)” Loodusuudised, looduskirjastusrühm, saadaval siin.
2. Hester, Susan D, et al. "Võrdlevate genoomsete hübridisatsioonitehnoloogiate võrdlus Microarray platvormide vahel." Biomolekulaarsete tehnikate ajakiri: JBT, Biomolekulaarsete ressursirajatiste ühing, aprill 2009, saadaval siin.

Pilt viisakalt:

1. “Multiplex ViewRNA FISH-test Jurkati ja HeLa rakkudes”. Ryan Jeffs - Oma töö (CC BY-SA 3.0) Commonsi Wikimedia kaudu
2. CGH-skeem. Autor: Mbaudis (vestlus) (üleslaadimine) - Enda töö (CC BY 2.5) Commonsi Wikimedia kaudu