Erinevus esi- ja vastupidise praimeri vahel

Peamine erinevus - edasi vs pöördpraimer
 

Polümeraasi ahelreaktsioon (PCR) on DNA amplifikatsioonimeetod, mida kasutatakse molekulaarbioloogilistes rakendustes. See on tavaliselt kasutatav tehnika, mis teeb miljonitest kuni miljarditeni koopiaid eriti huvitatud DNA järjestusest. See on in vitro laborites läbiviidav meetod. PCR meetod sõltub täielikult kaubanduslikult toodetud DNA polümeraasist, mida nimetatakse Taq polümeraasiks. Samuti nõuab see mitut muud komponenti ja korralikku temperatuuri hoidmist. Üks oluline komponent on praimerid. Praimerid on lühikesed DNA järjestused, mis on spetsiaalselt loodud sihtmärk-DNA järjestuse jaoks. Need on tavaliselt umbes 20 nukleotiidi pikad. Taq polümeraas katalüüsib nukleotiidide lisamist olemasolevasse nukleotiidjärjestusse. Seega kasutatakse praimereid uute ahelate sünteesi lähtepunktidena. Taq polümeraas töötab ainult 5 'kuni 3' suunas, seega toimub DNA süntees samas 5 'kuni 3' suunas. Kuna DNA on kaheahelaline, on PCR-is vaja kahte tüüpi praimereid. Neid nimetatakse päripidiseks ja vastupidiseks praimeriteks. Edasi- ja pöördpraimereid nimetatakse praimeri pikenemise suuna järgi DNA-s sünteesi korral. Edasi lõdvestab praimer antisenss-DNA ahelaga ja käivitab geeni + ve ahela sünteesi suunas 5 'kuni 3'. Praimeri vastupidine lõõmutab senss-ahelaga ja käivitab kodeeriva ahela komplementaarse ahela sünteesi; mis on -geeni ahela suunas 5'-3'-suunas. See on võtme erinevus edasi-tagasi pöördpraimerite vahel.

SISU

1. Ülevaade ja peamised erinevused
2. Mis on Forward Primer
3. Mis on pöördpraimer
4. Edasise ja tagurpidi praimeri sarnasused
5. Kõrvuti võrdlus - tabeli kujul edasi-tagasi praimer
6. Kokkuvõte

Mis on Forward Primer?

Edasisuunamine on geeni kodeeriva ahela või senss-ahela süntees. Taq polümeraas katalüüsib uue ahela sünteesi suunas 5 'kuni 3'. Kodeeriva ahela süntees toimub siis, kui praimer lõõmub kodeerimata või antisenss-ahelaga ja pikeneb suunas 5 'kuni 3'.

Joonis 01: Esi- ja vastupidine praimer

Antisenss-ahelaga või mittekodeeriva ahelaga või matriits-ahelaga lõõmutavat praimerit nimetatakse päripidiseks praimeriks, kuna edasine praimer toimib geeni kodeeriva või positiivse ahela sünteesi lähtepunktina. Edasisel praimeril on lühike nukleotiidijärjestus, mis on komplementaarne antisense ahela 3'-külgneva otsaga. See hübridiseerub antisenss-ahelaga ja hõlbustab Taq polümeraasi, et lisada nukleotiide, mis täiendavad matriitsi ahelat.

Mis on pöördpraimer?

Pöördpraimer on lühike DNA järjestus, mis lõõmub senss-ahela või kodeeriva ahela 3'-otsaga. Pöördpraimer on lähtepunktiks kodeeriva järjestuse või mittekodeeriva järjestuse komplementaarse ahela sünteesimiseks. Pöördpraimer on kavandatud täiendama kodeeriva ahela 3 'otsa. Seega lõõmub see kodeeriva ahela külgneva 3 'otsaga ja võimaldab Taq polümeraasil sünteesida antisenss-ahela või matriitside. Kuna selle orientatsioon on vastupidine, on see praimer märgistatud pöördpraimerina.

Nii pöörd- kui ka päripidised praimerid on olulised sihtmärgiks olevate või huvitatud DNA teatud piirkondade miljonite kuni miljardite koopiate tootmiseks.

Millised on eel- ja tagurpidi praimeri sarnasused?

• Nii esi- kui ka pöördpraimerid on valmistatud oligonukleotiididest.
• Nii esi- kui ka pöördpraimeril on lühike nukleotiidijärjestus, mis on komplementaarsed DNA topelt ahelate külgnevate otstega.
• Nii esi- kui ka tagurpidi praimerid koosnevad tavaliselt 20 nukleotiidist.
• Polümeraasi ahelreaktsioonides kasutatakse nii esi- kui ka pöördpraimerit.
• Nii eesmine kui ka tagumine praimer sünteesitakse kaubanduslikult.
• Nii esi- kui ka tagurpidi praimerid on temperatuuri stabiilsed ja neil on tavaliselt sarnane Tm.
• Nii esi- kui ka pöördpraimerid lõõmutatakse sihtmärk-DNA järjestustega.
• Nii esi- kui ka pöördpraimerid on konstrueeritud vastavalt PCR reaktsioonidele.
• DNA amplifikatsiooni lähtepunktidena kasutatakse nii esi- kui ka pöördpraimerit.
• Nii pöörd- kui ka päripidised praimerid on olulised suunatud või huvitatud DNA järjestuste konkreetsete piirkondade miljoni koopia tootmiseks.

Mis vahe on esi- ja tagurpidi praimeril?

Edasi krunt vs tagumine krunt
Esiosa praimer on lühike DNA järjestus, mis hübridiseerub geeni mittekodeeriva 3 'otsaga või matriitsi ahelaga ja on lähtepunktiks kodeeriva järjestuse sünteesimisel.	Pöördpraimer on lühike DNA järjestus, mis hübridiseerub kodeeriva 3'-otsaga või mittempllateerunud ahelaga ja on lähtepunktiks mittekodeeriva järjestuse sünteesimisel.
Lõõmutamine Strand
Edasi praimeri lõõmutamine malli ahelaga.	Praimeri lõõmutamine vastupidise lõngaga lõõmutatakse.
Tulemuseks uus jada
Edasi praimer hõlbustab kodeeriva järjestuse sünteesi.	Pöördpraimer hõlbustab mittekodeeriva järjestuse sünteesi.

Kokkuvõte - edasi vs pöördpraimer

PCR-tehnikas osalevad kahte tüüpi praimerid. Need on edasi-tagasi pöördpraimerid. Põhinedes praimeri pikenemisele uue DNA ahela sünteesil, on need praimerid märgistatud või nimetatud. Taq polümeraas sünteesib uut DNA orientatsioonis 5 'kuni 3'. Seega on praimerid kavandatud täiendama topelt ahelate 3 'otsi. Esiosa praimer, mis pikeneb 5 'kuni 3' suunas, hübridiseerub antisensi või matriitsi või mittekodeeriva järjestusega 3 'otsaga. See on lähtepunktiks kodeerimisjärjestuse sünteesimisel. Pöördpraimer, mis pikeneb 5 'kuni 3' suunas, hübridiseerub kodeerimise 3 'otsaga või mittemplikaadi või senss-ahelaga. See on lähtepunkt mittekodeeriva järjestuse sünteesimiseks. See on erinevus edasi- ja vastupidise praimeri vahel.

Viide:

1. “Praimer (molekulaarbioloogia).” Wikipedia, Wikimedia Foundation, 20. veebruar 2018. Saadaval siin 
2. “Polümeraasi ahelreaktsioon (PCR).” Khani Akadeemia. Saadaval siin 

Pilt viisakalt:

1.'Primers RevComp Melted2'By Richard Wheeler (Zephyris) - Oma töö, (CC BY-SA 3.0) Commonsi Wikimedia kaudu