Genotüpiseerimise ja järjestamise erinevus

Peamine erinevus - genotüpiseerimine vs järjestamine
 

Genotüpiseerimine ja järjestamine on kaks meetodit, mille abil saadakse teavet nukleiinhapete, peamiselt organismi DNA kohta. Peamine erinevus genotüpiseerimise ja järjestamise vahel on see genotüpiseerimine on protsess, mille abil saab markerite abil kindlaks teha, milline geneetiline variant indiviidil on, samas kui sekveneerimine on nukleotiidijärjestuse õige järjestuse määramine antud DNA fragmendis.

SISU
1. Ülevaade ja peamised erinevused
2. Mis on genotüüpimine
3. Mis on järjestamine
4. Kõrvuti võrdlus - genotüpiseerimine vs järjestamine
5. Kokkuvõte

Mis on genotüüpimine??

Genotüpiseerimine on inimese geneetilise ülesehituse määramine, kasutades DNA ja markerite järjestust, ning selle pärimise võrdlemine ja tuvastamine. Genotüpiseerimine on oluline evolutsioonibioloogias, populatsioonibioloogias, taksonoomias, ökoloogias ja organismide geneetikas. Seda saab läbi viia erinevate tehnikatega, sealhulgas DNA järjestamine, polümeraasi ahelreaktsioon, restriktsioonifragmendi pikkuse polümorfism (RFLP), juhuslikult amplifitseeritud polümorfne tuvastamine, amplifitseeritud fragmendi pikkuse polümorfism (AFLP), DNA mikrokihid jne..

Genotüpiseerimine hõlmab DNA järjestuste teatud väikeste fragmentide järjestamist ja geneetilise koostise seoste leidmist teiste indiviididega, kasutades geneetilisi markereid. See määrab üksikute nukleotiidide polümorfismid (SNP-d) üksikisikute või konkreetsete alleelide vahel. Genotüüpimine on rakendatav paljude organismide, sealhulgas inimeste puhul. See on rakendatav ka selliste mikroorganismide nagu viirused, seened jt korral ning seda saab kasutada nende geneetiliste variantide määramiseks võrdlusprofiilide abil. Molekulaar epidemioloogias ja kohtuekspertiisi mikrobioloogias toimub patogeenide, eriti mikroorganismide kontrolli all hoidmine genotüpiseerimisel saadud teabe abil. Genotüpiseerimine on sugupuude analüüsimisel väga oluline. Inimestel genotüüp kinnitatakse emadus ja isadus. Genotüüp paljastab geenide domineerivad ja retsessiivsed alleelid, mis määravad kindlaks konkreetsed tunnused.

Joonis_1: RFLP genotüpiseerimine

Mis on järjestamine?

Järjestus on nukleotiidi õige järjestuse määramise protsess antud DNA või RNA fragmendis. Praktiliselt kogu organismi kasvamiseks ja arenguks vajalik teave on kodeeritud selle genoomi. Paarsada nukleotiidi pikkuste nukleiinhapete fragmentide tootmiseks ja eraldamiseks kasutatavate tehnikate kättesaadavus viis selleni, et töötati välja protseduurid DNA või RNA antud fragmendi täpse nukleotiidijärjestuse määramiseks. Tänapäeval on saadaval erinevat tüüpi järjestamismeetodid. Need järjestamismeetodid koos organismi kogu genoomi esindavate genoomiraamatukogude konstrueerimise tehnoloogiaga hõlbustavad kogu organismi kogu genoomi järjestamist, analüüsides geenistruktuure, geenifunktsioone, geenide asukohti, geeniekspressioone, geenikaardistamine, geeniregulatsioonipiirkonnad jne.

Järjestus on koostatud ja kaardistatud paljude viiruste, mitmete bakterite, arhebakterite, pärmi ja mitmete teiste organismide genoomide koguarvust. Inimese genoomi projekt on võimaldanud kogu inimese genoomi järjestada ja kaardistada ning avaldada selle esimene mustand 2003. aastal. See on oluline verstapost bioloogia edendamisel. Inimese genoomi järjestusi kasutatakse nüüd meditsiinisektoris haruldaste haiguste geneetiliste põhjuste väljaselgitamiseks, vastsündinutel haiguste riski tuvastamiseks, erinevate vähkide geneetiliste üksikasjade väljaselgitamiseks, uute ravimite väljatöötamiseks ja uute diagnostikavahendite väljatöötamiseks jne..

Taimemaailmas on järjestatud riisi ja Arabidopsise genoomid. Nende järjestuste tundmine muudab kahtlemata meie arusaama rakkude ja organismide toimimisest.

Joonis_2: Sangeri sekveneerimise autoradiograaf

Mis vahe on genotüpiseerimisel ja järjestuse määramisel??

Genotüpiseerimine vs sekveneerimine
Genotüpiseerimine on inimese geneetilise koostise määramise ja selle organismi rühma või taksonoomia kontrollimise protsess.	Järjestus on antud DNA või RNA fragmendi nukleotiidide täpse järjekorra kindlaksmääramise protsess.
Tehnika
RFLP, geenijärjestus, PCR, DNA mikrokihid, AFLP jne.	Sangeri sekveneerimine, Gilberti sekveneerimine, pürosekveneerimine, järgmise põlvkonna sekveneerimine, haavlipüsside sekveneerimine jne.
Suuremad mured
See on rohkem mures selle pärast, kas genotüüpide erinevused annavad tegelikke fenotüüpide erinevusi.	See on rohkem mures nukleotiidide järjekorra ning selle erinevuste ja muutuste osas teiste organismidega.

Kokkuvõte - genotüpiseerimine vs sekveneerimine

Genotüpiseerimine ja järjestamine on kasulikud organismide geneetilise teabe uurimisel. Genotüpiseerimine on protsess, mille käigus määratakse indiviidide vahel genotüübi variatsioonid ja leitakse nende kategooriad. Järjestus on nukleotiidide õige järjestuse kindlaksmääramine huvitatud fragmendis või DNA piirkonnas. Mõlemad tehnikad pakuvad olulist teavet geenide ja genoomide kohta.

Viide:
1. “Genotüpiseerimise meetodid”. Meetodid molekulaarbioloogias (Clifton, N.J.). USA Riiklik Meditsiiniraamatukogu, n.d. Võrk. 20. veebruar 2017.
2. Akey, J. M., D. Sosnoski, E. Parra, S. Dios, K. Heister, B. Su, C. Bonilla, L. Jin ja M. D. Shriver. "SNP-de sulamiskõvera analüüs (McSNP:): geelivaba ja odav meetod SNP genotüüpide määramiseks." BioTechniques 30.2 (2001): 358-67. võrk.

Pilt viisakalt:
1. RFLP genotüpiseerimine (teadmata) - Riiklikud terviseinstituudid (üldkasutatav) Commonsi Wikimedia kaudu
2. Abiozari „Radioaktiivne luminofoorlamp” inglise Vikipeedias (CC BY-SA 3.0) Commons Wikimedia kaudu