Erinevus Nick'i tõlke ja praimeri pikendamise vahel

Peamine erinevus - Nick Translation vs Primer Extension
 

Hüüdnime tõlkimine ja praimeri pikendamine on kaks olulist meetodit, mida viiakse läbi molekulaarbioloogias. Peamine erinevus hüüdtõlke ja praimeri laiendamise vahel on see nick-translatsiooniprotsess toodab märgistatud sondid muude hübridisatsioonimeetodite jaoks samas praimeri pikendamise meetod tuvastab segust spetsiifilise RNA järjestuse ja paljastab teabe mRNA ekspressiooni kohta. Mõlemal tehnikal on suur tähtsus ja neid teostatakse rutiinselt molekulaarsetes laborites.

SISU
1. Ülevaade ja peamised erinevused
2. Mis on Nick Translation
3. Mis on praimeri pikendamine
4. Kõrvuti võrdlus - Nick Translation vs Primer Extension
5. Kokkuvõte

Mis on Nick Translation?

Hüüdnime tõlkimine on oluline tehnika, mida kasutatakse märgistatud sondide valmistamiseks mitmesuguste molekulaarbioloogiliste meetodite jaoks, näiteks blotimiseks, in situ hübridisatsioon, fluorestsents in situ hübridisatsioon jne in vitro DNA märgistamise meetod. DNA-sonde kasutatakse spetsiifiliste DNA- või RNA-järjestuste tuvastamiseks. Märgistatud sondi abil saab spetsiifilisi fragmente tähistada või visualiseerida nukleiinhappe keerulisest segust. Seetõttu valmistatakse märgistatud sondid, kasutades erinevaid tehnikaid, mida saab kasutada erinevate tehnikate jaoks. Hüüdnime translatsioon on üks selline meetod, kus toodetakse märgistatud sondid DNaasi 1 ja DNA polümeraasi 1 ensüümide abil.

Hüüdnime translatsiooni protsess algab DNase 1 ensüümi aktiivsusest. DNaas 1 tutvustab kaheahelalise DNA fosfaatkarkassis nippe, lõhustades fosfodiestersidemeid nukleotiidide vahel. Kui hüüdnimi on loodud, saadakse nukleotiidi vaba 3 'OH-rühm ja DNA polümeraas 1 ensüüm toimib sellele. DNA polümeraasi 1 5 'kuni 3' eksonukleaasi aktiivsus eemaldab nukleotiidid hüüdnimest DNA ahela 3 'suuna suunas. Samal ajal toimib DNA polümeraasi 1 ensüümi polümeraasi aktiivsus ja lisab eemaldatud nukleotiidide asendamiseks nukleotiide. Kui nukleotiidid olid märgistatud, toimub asendamine märgistatud nukleotiididega ja see tähistab DNA tuvastamiseks. Seda värskelt sünteesitud märgistatud DNA-d saab kasutada sondidena erinevates hübridisatsioonireaktsioonides molekulaarbioloogias.

Joonis 01: Nick'i tõlkeprotsess

Mis on praimeri pikendamine?

Praimeri pikendamine on tehnika, mida kasutatakse RNA segust spetsiifilise RNA järjestuse leidmiseks ja mRNA transkriptsiooni 5 'otsa leidmiseks. Seda kasutatakse ka RNA struktuuri ja ekspressiooni uurimiseks. Praimeri pikendamise meetod viiakse läbi märgistatud praimeritega või märgistatud nukleotiididega. Kui kasutatakse märgistatud praimereid, välistab see vajaduse märgistada need nukleotiidid, mida kasutatakse cDNA sünteesiks. Selles tehnikas on mitu sammu. See algab RNA ekstraheerimisest proovist. Seejärel lisatakse segule märgistatud oligonukleotiidpraimer koos vajalike koostisosadega konkreetse RNA järjestuse cDNA sünteesimiseks. Praimeri lõõmutamine segu komplementaarse järjestusega. Kasutades praimerina lõõmutatud järjestust matriitsina, sünteesib ensüümi pöördtranskriptaas RNA järjestuse komplementaarset DNA-d (cDNA). Praimeri lõõmutamine ja pöördtranskriptsioon toimuvad ainult siis, kui proovis on spetsiifiline RNA järjestus. Lõpuks, kui teostatakse denatureeriv geelelektroforees, saab RNA järjestuse suuruse määrata. Samuti on praimeri pikendamise meetodil lihtne leida mRNA (transkriptsiooni initsiatsioonisaidi) järjestuse +1 alust. Selle meetodi abil saab proovis sisalduva mRNA kogust kvantifitseerida, kui kasutatakse ülemäärast praimerit.

Joonis 02: Praimeri pikendus

Mis vahe on Nick Tõlke ja Primer Extension vahel??

Nick Translation vs Primer Extension
Nicki translatsioon on protsess, mis loob märgistatud DNA-sondid erinevate hübridisatsioonireaktsioonide jaoks.	Praimeri pikendamine on tehnika, mida kasutatakse spetsiifilise RNA leidmiseks või geeniekspressiooni uurimiseks.
Kasutatud ensüümid
Kasutatakse DNaasi 1 ja DNA polümeraasi ensüüme.	Kasutatakse pöördtranskriptaasi ensüümi.
Tähtsus
Hüüdnime transleerimine hõlbustab konkreetse DNA järjestuse märgistamist.	Praimeri pikendamine võimaldab tuvastada spetsiifilise mRNA järjestuse suuruse ja proovis sisalduva koguse.

Kokkuvõte - Nick Translation vs Primer Extension

Nicki tõlge on meetod, mida kasutatakse märgistatud sondide sünteesimiseks, lähtudes DNase 1 ja E coli DNA polümeraasi 1 ensüümid. See on in vitro meetod, mida laboratooriumides kasutatakse enne erinevaid hübridiseerimistehnikaid. Hüüdnime translatsiooni käigus eemaldab DNA polümeraasi 1 5'-3 'eksonukleaasiaktiivsus nukleotiidid enne hüüdnime ja DNA polümeraasi 1 polümeraasi aktiivsus asendab eemaldatud nukleotiidid hüüdnime taga olevate märgistatud nukleotiididega. Praimeri pikendamine on meetod, mida kasutatakse konkreetse RNA transkriptsiooni detekteerimiseks segust ning huvipakkuva RNA suuruse ja koguse määramiseks. See erinevus on hüüdtõlke ja praimeri laiendamise vahel.

Viited
1. Reid, Alex. “Nick Translation.” Springer. N.p., n.d. Võrk. 18. aprill 2017
2. “Primer Extension”. Riiklik diagnostika. N.p., n.d. Võrk. 19. aprill 2017
3. Kuo, M. T. ja W. Plunkett. "Metafaassete kromosoomide hüüdnimetamine: nukleaas-ülitundlike piirkondade in vitro märgistamine kromosoomides." Ameerika Ühendriikide Riikliku Teaduste Akadeemia toimetised. USA Riiklik Meditsiiniraamatukogu, veebruar 1985. Veeb. 19. aprill 2017
4. Raymond jt. "Lihtne, kvantitatiivne praimeri pikendamise PCR-test mikroRNA-de ja lühikese segavusega RNA-de otseseks jälgimiseks." RNA. Autoriõigus 2005, RNA Selts, november 2005. Veeb. 19. aprill 2017

Pilt viisakalt:
1. „Primer Extension Assay” autor Jjnmmnjj - Enda töö (CC BY-SA 3.0) Commonsi Wikimedia kaudu