Erinevus sondi ja praimeri vahel

Peamine erinevus - sond vs praimer
 

Molekulaarsond on väike DNA või RNA fragment, mis tunneb ära DNA või RNA komplementaarsed järjestused ja võimaldab sihtjärjestust tuvastada. Praimer on väike DNA või RNA osa, mis toimib DNA sünteesi lähtepunktina. Praimerid ja sondid hübridiseeruvad matriits-DNA või märklaud-DNA komplementaarsete nukleotiididega. Peamine erinevus sondi ja praimeri vahel on aga see praimerid on vajalikud DNA replikatsiooniks, samas kui sondid on vajalikud spetsiifiliste järjestuste tuvastamiseks proovi DNA-s.

SISU
1. Ülevaade ja peamised erinevused
2. Mis on sond
3. Mis on praimer
4. Kõrvuti võrdlus - sond vs praimer
5. Kokkuvõte

Mis on sond?

Sond on väike DNA või RNA fragment, mida kasutatakse proovis sihtmärk-DNA või RNA tuvastamiseks molekulaarse hübridisatsiooni abil. Neid tuntakse ka kui molekulaarsed markerid. Sond võib varieeruda (100 kuni 1000 alust) ja sondi nukleotiidid täiendavad sihtjärjestuse osa. Avastamise hõlbustamiseks on sondid märgistatud radioaktiivsete isotoopide või fluorestsentsvärvide või antikehadega. Sondid seostuvad sihtjärjestuse komplementaarsete alustega ja paljastavad siht-DNA või RNA olemasolu proovis. Sondide märgistamiseks on kaks peamist meetodit: lõpp sildistamine ja hüüdnimede tõlkimine. Sondid jaotatakse eri tüüpi, sealhulgas DNA-sondid, RNA-sondid, cDNa-sondid ja sünteetilised oligonukleotiidsondid ning nende valmistamiseks kasutatakse erinevaid tehnikaid.

Sondid on olulised vahendid paljudes mikroobsetes ja molekulaarsetes valdkondades, näiteks viroloogias, kohtuekspertiisi patoloogias, isaduse testimisel, DNA sõrmejälgede võtmisel, geneetiliste haiguste tuvastamisel, RFLP-s, molekulaarses tsütogeneetikas, in situ hübridiseerimine jne.

Joonis 01: patogeenide tuvastamiseks FISH-is kasutatud fluorestsentsmärgisega sond

Mis on praimer?

Praimer on lühike DNA või RNA fragment, mis on DNA sünteesi initsiaator. DNA polümeraasi ensüüm lisab nukleotiidid praimeri järjestuse 3 'OH rühma ja sünteesib matriitsi DNA-ga komplementaarset uut ahelat. Praimerid on väga lühikesed fragmendid pikkusega 18 kuni 20 nukleotiidi. Neid sünteesitakse laboris keemiliselt in vitro DNA amplifikatsioon (PCR). Praimeritel võib olla ükskõik milline nukleotiidide järjestus, kuna need on kasutaja kujundatud. Neid sünteesitakse matriits-DNA komplementaarsete alustega sobitamiseks. Seetõttu võib sellel olla ükskõik milline nukleotiidide järjestus. Praimerid on DNA replikatsiooni jaoks ülimalt olulised, kuna DNA polümeraas ei suuda uut DNA sünteesida ilma eelneva DNA tükita. PCR praimerite kavandamisel tuleb arvestada järgmiste asjaoludega:

• Praimerid peaksid sisaldama amplifitseeritava DNA külgneva otsa komplementaarseid nukleotiide.
• Praimerite sulamistemperatuur peaks olema vahemikus 55-65 ° C ⁰C
• G- ja C-sisaldus peaks olema vahemikus 50–60%.

Proovi DNA mõlema ahela replitseerimiseks kasutatakse PCR-is kahte praimerit nii edasi kui ka tagurpidi. Praimereid kasutatakse tavaliselt PCR ja DNA järjestamiseks.

Joonis 02: Praimeri lõõmutamine PCR-is

Mis vahe on sondil ja Primeril?

Sond vs praimer
Sond on DNA / RNA väike fragment, mida kasutatakse sihtjärjestuse olemasolu tuvastamiseks proovis molekulaarse hübridisatsiooni teel.	Praimer on väike DNA või RNA osa, mis toimib DNA replikatsiooni lähtepunktina.
Funktsioon
See tuvastab kindla järjestuse olemasolu DNA või RNA proovis.	See toimib DNA sünteesi lähtepunktina.
Pikkus
Pikkus võib olla vahemikus 100–1000 alust	Pikkus on tavaliselt umbes 18 - 20 alust
Köitmine täiendava järjestusega
Sond hübridiseerub sihtjärjestuse komplementaarsete alustega	Praimeri lõõmutamine DNA ahelate komplementaarsete alustega.
Sildistamine
Sondid on tuvastamise hõlbustamiseks märgistatud	Praimereid üldiselt ei märgistata
Kasutamine PCR-is
Sondid ei kasutata PCR-is	PCR-is kasutatakse praimereid

Kokkuvõte - sond vs praimer

Sond on väike DNA või RNA järjestuse fragment, mida saab hübridiseerida komplementaarsete nukleotiididega, et tuvastada proovis sihtjärjestus. Sondid on märgistatud radioaktiivselt, immunoloogiliselt või fluorestsentselt, et näha sihtjärjestust. Praimer on väga väike DNA või RNA fragment, mis toimib lähtepunktina in vitro DNA amplifikatsioon. DNA polümeraas tuvastab 3 'OH-rühma praimeri ja algatab matriitsile täiendava uue ahela ehitamise. Sondid ja praimerid toimivad sarnaselt, hübridiseerudes komplementaarsete nukleotiididega. Seega on sondi ja praimeri peamine erinevus nende peamine funktsioon.

Viide:
1. ”Praimer (molekulaarbioloogia).” Vikipeedia. Wikimedia Foundation, 2. veebruar 2017. Veeb. 01. märts 2017.
2. Hübridisatsioonisond. Vikipeedia. Wikimedia Foundation, 30. detsember 2016. Veeb. 01. märts 2017
3. ”Praimer (molekulaarbioloogia).” Primer (molekulaarbioloogia) - ScienceDirect teemad. N.p., n.d. Võrk. 01. märts 2017

Pilt viisakalt:
1. Peptips Togopic "KALAD bakteriaalse patogeeni tuvastamiseks", autor Ivan Akira Magnus ManskeTimothy W. Ford - (CC BY-SA 3.0) Commons Wikimedia kaudu
2. “Primers RevComp Melted2” autor: Richard Wheeler (Zephyris) - Oma töö (CC BY-SA 3.0) Commonsi Wikimedia kaudu