Erinevus QTL ja GWAS vahel

võtme erinevus QTL ja GWAS vahel sõltub analüüsis kasutatud järjestuste tüübist. QTL kasutab aheldusgeeni lookuseid polügeense pärimisega seotud fenotüüpide tunnuste analüüsimiseks, samas kui GWAS kasutab terve seisundi genoomi järjestusi konkreetse seisundi üksikute nukleotiidide polümorfismide analüüsimiseks.

QTL kaardid ja GWAS mängivad olulist rolli erinevate tunnuste geneetilistes analüüsides. Lisaks on need olulised erinevate teadmata etioloogiaga haigusseisundite analüüsimisel. Lisaks mängib järjestamine võtmerolli mõlemas tehnikas. Neid tehnikaid saab suurema täpsuse ja täpsuse tagamiseks ühendada ka teiste suure läbilaskevõimega tehnikatega.

SISU

1. Ülevaade ja peamised erinevused
2. Mis on QTL 
3. Mis on GWAS?
4. QTL-i ja GWAS-i sarnasused
5. Kõrvuti võrdlus - QTL vs GWAS tabelina
6. Kokkuvõte

Mis on QTL?

QTL tähistab Kvantitatiivne tunnuskoht. See on DNA piirkond, mis on seotud fenotüüpse tunnusega. Üldiselt põhjustab QTL polügeenset mõju. QTLide jaotus varieerub ja QTLide arv näitab konkreetse fenotüüpse tunnuse varieerumise astet. Lisaks kodeerivad nad tavaliselt pidevaid tunnuseid, mitte ei eralda tunnuseid.

QTL piirkondade tuvastamisel on oluline järjestada konkreetne QTL piirkond. Lisaks on uuringute ja uurimistöö hõlpsamaks muutmiseks sekveneerimine ja QTL-i ühiste regioonide andmete salvestamine bioinformaatikute kaasabil. Me nimetame seda tehnikat QTL kaardistamiseks. Seejärel koguneb andmebaas QTL piirkonna järjestustega.

Joonis 01: QTL-i skannimine

Lisaks tuginevad QTL jadade rakendused peamiselt BLAST-i tööriistale, kus saab määrata järjestuste sarnasuse. See on oluline organismide vaheliste suhete tuletamisel. Lisaks on see oluline konkreetse polügeense fenotüübi keerukuse määramisel. See määrab ka konkreetse tunnuse kujunemise.

Praegu on QTL-analüüs kombineeritud teiste suure läbilaskevõimega tehnikatega, nagu näiteks DNA mikrokiired. See on oluline fenotüübi ekspressioonianalüüsis. Praegu on teadlased palju huvitatud QTL andmebaasi arendamisest, kuna QTL piirkonnad vastutavad erinevate liikide paljude oluliste tunnuste eest.

Mis on GWAS??

GWAS tähistab Geenivaramu uuring. See viitab ka kogu genoomi assotsieerimise uuringutele. Need uuringud keskenduvad peamiselt vaatlusuuringutele. Selles analüüsitakse erinevate isendite geneetilisi variante, mis on tavaliselt seotud konkreetse tunnusega. Pealegi on GWAS-i analüüsimisel oluline kogu genoom.

Joonis 02: GWAS

GWAS on oluline vahend erinevate nukleotiidide polümorfismide analüüsimisel, mis on seotud erinevate haigusseisunditega. See on ka erinevate üksikute nukleotiidide polümorfismide võrdlev uuring laia populatsiooni ulatuses. Lisaks on GWAS-i uuritav valim väga kõrge; seega võtab see ka ristlõikega kohordi uuringu formaadi.

Lisaks toimus esimene GWAS-uuring müokardiinfarkti kohta ja müokardiinfarktiga seotud geenide analüüsimisel. Praegu mängib GWAS olulist rolli teadmata etioloogiaga keerukate haiguste geneetilise tausta määramisel.

Millised on QTL-i ja GWAS-i sarnasused??

• Analüüsimisel tuginevad nad DNA järjestuste andmetele.
• Mõlemad on seotud erinevate tegelaste geneetilise taustaga.
• Lisaks vajavad nad tulemuste tuletamiseks ja tõlgendamiseks bioinformaatika tööriistu.
• Neid tehakse suurtel populatsioonidel.

Mis vahe on QTL ja GWAS vahel??

QTL analüüsib polügeense pärandiga seotud fenotüübilisi tunnuseid, kasutades ühendatud geen lookuseid, samas kui GWAS analüüsib konkreetse seisundi ühe nukleotiidi polümorfisme, kasutades terveid genoomi järjestusi. Seega on see oluline erinevus QTL ja GWAS vahel. QTL kaardistamine on suhteliselt vähem keeruline tehnika kui GWAS, kuna see nõuab kogu genoomi järjestamist.

Allpool toodud infograafik võtab tabelite kujul kokku QTL ja GWAS erinevuse.

Kokkuvõte - QTL vs GWAS

QTL kaardistamine ja GWAS mängivad olulist rolli erinevate fenotüüpiliste tunnuste geneetilise tausta määramisel. Need aitavad analüüsida ka erinevate haiguste geneetilist tausta. QTL kaardistamine kaardistab aheldusgeene, mis vastutavad pidevate tunnuste eest, ja hõlmab ka polügeensete pärilike geenide kaardistamist. GWAS seevastu toimub terve genoomi abil, analüüsides üksikute nukleotiidide polümorfisme. Lisaks toimub see suurema elanikkonna hulgas. Seega on see kokkuvõte erinevusest QTL ja GWAS vahel.

Viide:

1. Liu, Ruixian jt. "Kõrgustiku puuvilla kiudude kvaliteediomaduste ja saagikomponentide GWAS-analüüs ja QTL-i tuvastamine, kasutades rikastatud kõrgtihedusega SNP-markereid." Frontiers in Plant Science, Frontiers Media S.A., 13. september 2018, saadaval siin.
2. “GWAS Vs. Qtl kaardistamine? ” Viimased postitused, saadaval siit.

Pilt viisakalt:

1. “Geenivaramu QTL-skannimise näide PLoS-i bioloogiast” autorid - Styrkarsdottir U, Cazier JB, Kong A, Rolfsson O, Larsen H, et al. (2003) Osteoporoosi seos kromosoomiga 20p12 ja seotus BMP2-ga. PLoS Biol 1 (3): e69 (CC BY 2.5) Commonsi Wikimedia kaudu
2. Bush WS ja Moore JH - GWAS-haiguse alleeli mõjud - Bush WS, Moore JH (2012) 11. peatükk: Geenivaramu assotsiatsiooni uuringud. PLoS Comput Biol 8 (12): e1002822. doi: 10.1371 / journal.pcbi.1002822, (CC BY 2.5) Commonsi Wikimedia kaudu