Sarnasuse ja identiteedi erinevus järjestuse joondamisel

võtme erinevus sarnasuse ja identiteedi vahel järjestuse joondamisel on see sarnasus on kahe jada vaheline sarnasus (sarnasus), samasus identiteet on tähemärkide arv, mis sobivad täpselt kahe erineva jada vahel.

Bioinformaatika on interdistsiplinaarne teadusvaldkond, mis hõlmab peamiselt molekulaarbioloogiat ja geneetikat, arvutiteadust, matemaatikat ja statistikat. Järjestuste joondamine on bioinformaatikas peamine termin. See on protseduur, milles DNA, RNA või valgu järjestused paigutatakse sarnasuse piirkondade tuvastamiseks, mis on järjestuste funktsionaalse, struktuurse või evolutsioonilise seose tagajärg. Joondamise lõpus esitatakse need maatriksis ridadena. Identsete märkide joondamiseks järjestikustes värvides on jääkide vahel sisestatud lüngad.

SISU

1. Ülevaade ja peamised erinevused
2. Mis on sarnasus järjestuse joondamisel
3. Mis on identiteet järjestuse joondamisel
4. Sarnasuse ja identiteedi sarnasused järjestuse joondamisel
5. Kõrvuti võrdlus - sarnasus vs identiteet järjestuse joondamisel tabeli kujul
6. Kokkuvõte

Mis on sarnasus?

Sarnasus jadade joondamisel on sarnasus kahe jada vahel, kui võrrelda. See asjaolu sõltub järjestuste identsusest. Sarnasus kujutab jääkide joondamise ulatust. Seega sisaldavad sarnased järjestused sarnaseid omadusi. Bioinformaatikas on sarnasus abivahend kahe valgu vahelise sarnasuse hindamiseks.

Joonis 01: Sarnasus järjestuse joondamisel

Järjestuse joondamise protsessil on kaks peamist sammu. Esialgne samm on paaridevaheline joondamine, mis aitab leida optimaalset joondust kahe jada vahel (sealhulgas lüngad), kasutades selliseid algoritme nagu BLAST, FastA ja LALIGN. Sobitusalgoritm leiab redigeerimistoimingute minimaalse arvu; in-dels ja asendused, et viia üks jada teise jada külge. Pärast paaritasemelist joondamist on vaja saada kaks kvantitatiivset parameetrit igast paaridevahelisest võrdlusest. Need on identiteet ja sarnasus.

Mis on identiteet?

Identiteet järjestuse joondamisel on märkide arv, mis vastavad täpselt kahe erineva jada vahel. Seega ei võeta identiteedi hindamisel lünki arvesse. Mõõtmist peetakse kahe järjestuse lühema jadaga relatiivseks. See tähendab märkimisväärselt, et sellel on efekt, kui järjestuse identsus pole transitiivne. Kui X = Y ja Y = Z, siis ei ole X tingimata võrdne Z-ga. See tuletatakse identiteedi kauguse mõõtme põhjal.

Joonis 02: identiteet järjestuse joondamisel

Näiteks X-l on AAGGCTT jada, Y-l AAGGC jada ja Z-l AAGGCAT. Identiteet X ja Y vahel on 100% 5 identset nukleotiidi minutis [pikkus (X), pikkus (Y)]). Ka Y ja Z identiteet on 100%. Kuid identsus X ja Z vahel on ainult 85% (6 identset nukleotiidi / 7).

Millised on sarnasuse ja identiteedi sarnasused järjestuse joondamisel?

• Nii sarnasus kui ka identiteet on kaks terminit, mida kasutame järjestuse joondamisel.
• Samuti viitavad nad kahe järjestuse sarnasusele.
• Lisaks väljendame neid protsentuaalse väärtusena.

Mis vahe on sarnasuse ja identiteedi vahel järjestuse joondamisel??

Joondamise sarnasus näitab kahe jada vahelist sarnasust, samas kui identiteet jadade joondamisel näitab tähemärkide arvu, mis sobivad täpselt kahe erineva jada vahel. Seetõttu on see peamine erinevus sarnasuse ja identiteedi vahel järjestuse joondamisel.

Kokkuvõte - sarnasus vs identiteet järjestuse joondamisel

Järjestuse joondamine aitab tuvastada DNA, RNA või valgu sarnasuse piirkondi, mis tulenevad järjestuste funktsionaalsest, struktuurilisest või evolutsioonilisest seosest. Seega on sarnasus ja identiteet jadade joondamise kontekstis kaks peamist terminit. Peamine erinevus nende kahe termini vahel on see, et sarnasus on kahe järjestuse sarnasus, samas kui identiteet on märkide arv, mis vastavad täpselt kahe erineva jada vahel. Seega on see kokkuvõte sarnasuse ja identiteedi erinevusest järjestuse joondamisel.

Viide:

1. “Identiteet ja sarnasus - kvantitatiivne meede.” Identiteet ja sarnasus - kvantitatiivne mõõdik, saadaval siit.
2. „Järjestuse joondamine”. Järjestuste joondamine - Bioinformatics.Org Wiki, saadaval siin.

Pilt viisakalt:

1. “Joonduspõhine ja joondamisvaba fülogenees” - autor Kolekar Pandurang - Oma töö (CC BY 3.0) Commonsi Wikimedia kaudu
2. “BLAST proovi väljund”, autor Fdardel - Enda töö (CC BY-SA 3.0) Commonsi Wikimedia kaudu