Erinevus üles- ja allavoolu DNA vahel

Peamine erinevus - ülesvoolu või allavoolu DNA
 

Oluline on omada üldisi teadmisi DNA koostise ja struktuuri kohta, et mõista erinevust üles- ja allavoolu DNA vahel. DNA koosneb polünukleotiidahelatest. Nukleotiidid on ehitusplokid, mis loovad polünukleotiidahelad ja iga nukleotiid on valmistatud kolmest komponendist: viiest süsinikust koosnevast suhkrust, lämmastiku alusest ja fosfaadirühmast. Fosfaatrühm ja OH-rühm on seotud vastavalt nukleotiidi suhkru molekuli 5 'ja 3' positsiooni süsinikuga. Nukleotiidid on ühendatud fosfodiestersidemetega, mis on moodustatud ühe nukleotiidi 5 'fosfaatrühma ja külgneva nukleotiidi 3' OH rühma vahel. Kui polünukleotiidahelal on vaba 5 'fosfaatrühm, siis omistatakse sellele 5' ots; kui sellel on vaba 3 'OH-rühm, siis määratakse see 3'-otstarbeks. Seetõttu on DNA ahelatel tavaliselt 5 'ja 3' otsad vastavalt polünukleotiidahelate lõppasenditele. DNA eksisteerib ka kaheahelalise vormis. Kaks ahelat on üksteisega paralleelsed. Seetõttu on DNA-l kaks ahelat, mis kulgevad suunas 5 'kuni 3' ja 3 'kuni 5'. Üles- ja allavoolu DNA-d viidatakse 5 'kuni 3' mRNA ahela transkriptsioonile ja sünteesile. Kui DNA-d vaadeldakse transkriptsiooni initsiatsioonisaidi kodeeriva ahela 5. otsa suunas, siis nimetatakse seda DNA ülesvoolu. Kui DNA-d vaadeldakse transkriptsiooni initsiatsioonisaidi kodeeriva ahela 3'-otsa suunas, siis seda nimetatakse pärisuunaliseks DNA-ks. See on peamine erinevus üles- ja allavoolu DNA vahel.

SISU
1. Ülevaade ja peamised erinevused
2. Mis on ülesvoolu DNA
3. Mis on alamjooksu DNA
4. Kõrvuti võrdlus - ülesvoolu ja allavoolu DNA
5. Kokkuvõte

Mis on ülesvoolu DNA?

Geen on struktuuri ja funktsionaalse üksuse pärilikkus, mis asub organismi DNA-l. Seda hoitakse koos valgu konstrueerimise juhistega. Geenil on DNA molekuli spetsiifiline piirkond. Vajaduse korral transkribeerib ja transleerib see valgu mRNA ahela sünteesi teel. Tavaliselt kulgeb geeni kodeeriv ahel 5 '- 3' suunas. Transkribeerimisel tekitab see mRNA ahela samas suunas 5 'kuni 3'. Transkriptsiooni ajal kasutatakse matriitsidena 3 'kuni 5' antisenss-ahelat, mis initsieerib mRNA sünteesi. Geenis on transkriptsiooni initsiatsioonisait. Transkriptsiooni initsiatsioonikoha suhtes on DNA piirkond, mis asub kodeeriva ahela 5 'otsa suunas, ülesvoolu DNA-na. Geeni promootor asub tavaliselt DNA ülesvoolu piirkonnas. Eukarüootsetes geenides on geenist ülesvoolu asuvas piirkonnas TATA karbid, promootori proksimaalsed elemendid ja võimendajad. Geeni ülesvoolu piirkonda tähistatakse negatiivsete numbritega. Geeni ülesvoolu DNA on transkriptsiooni jaoks ülimalt oluline.

Mis on alamjooksu DNA?

Transkriptsiooni initsiatsioonisaiti nimetatakse geeni +1 punktiks. DNA piirkonda, mis asub +1 punktist kodeeriva ahela 3 'otsa suunas, nimetatakse alamvoolu DNAks. Teisisõnu, geenist allavoolu asub transkriptsiooni initsiatsioonisaidist matriitsi ahela 5'-otsa suunas. Seetõttu hõlmab geenipiirkonna allavoolu DNA transkriptsiooniühikut ja muid järjestusi nagu terminaatorjärjestus. Promootor võib mõjutada geeni pärisuunalist järjestust. Geeni allavoolu osutatakse positiivsete numbritega. Geeni allavoolu DNA on tegelik piirkond, mis annab valguprodukti.

Joonis 01: Üles- ja allavoolu DNA

Mis vahe on üles- ja allavoolu DNA-l??

Ülesvoolu või allavoolu DNA
DNA regiooni, mis asub kodeeriva järjestuse 5'-otsa suunas transkriptsiooni initsiatsioonisaidist, tuntakse DNA ülesvoolu.	DNA regiooni, mis asub kodeeriva ahela 3'-otsa suunas transkriptsiooni initsiatsioonisaidist, nimetatakse pärisuunaliseks DNA-ks.
Elemendid
Promootorid ja võimendajad asuvad DNA ülesvoolu	Transkriptsiooniüksus ja terminaatorjärjestused asuvad alamjooksu DNA-s.
Numeratsioon
Ülesvoolu piirkonna nukleotiide tähistatakse negatiivsete numbritega	Nukleotiide tähistatakse positiivsete numbritega.
Funktsioon
See piirkond sisaldab elemente, mis on vajalikud transkriptsiooni reguleerimiseks ja algatamiseks	See piirkond sisaldab juhiseid valgu tootmiseks ja transkriptsiooni lõpetamiseks

Kokkuvõte - ülesvoolu ja allavoolu DNA

RNA ahela üles- ja allavoolu on lihtne kindlaks teha. Referentssaiti silmas pidades tuntakse RNA ahela 5 'otsa suunas olevat piirkonda RNA ülesvoolu, samas kui 3' otsa suunas olevat piirkonda tuntakse RNA allavoolu. Kuid DNA-s on kaks ahelat, mis kulgevad mõlemas suunas 5 'kuni 3' ja 3 'kuni 5'. Seega on erinevus üles- ja allavoolu DNA vahel keeruline. Seetõttu eristatakse seda geeni transkriptsiooni alusel. Transkriptsiooni initsiatsioonisaidist senss-ahela 5. otsa suunas on DNA piirkond tuntud kui ülesvoolu DNA, transkriptsiooni initsiatsiooni kohalt senss-ahela 3'-otsa poole on tuntud kui allavoolu DNA. See on erinevus DNA üles- ja allavoolu vahel.

Viited:
1. Rhee, Amy C., Benjamin H. Somerlot, Neeta Parimi ja Jonatha M. Gott. "Physarumeditingu saitidest üles ja allavoolu järjestuste eristatavad rollid." RNA. Cold Spring Harbor Laboratory Press, september 2009. Veeb. 18. märts 2017

Pilt viisakalt:
1. Barbosa, Cristina, Isabel Peixeiro ja Luísa Romão. “Geeni ekspressiooni regulatsioon avatud lugemisraamide ja inimhaiguste eelneval tasemel.” PLOS-geneetika. Teaduse avalik raamatukogu, n.d. Võrk. 18. märts 2017.