Prokarüootsete rakkude suurus on tavaliselt läbimõõduga 0,2–2,0 mikromeetrit, eukarüootsete rakkude läbimõõt on 10–100 mikromeetrit..
Eukarüootidel nimetatakse „tõelist tuuma”, kuna need sisaldavad membraaniga seotud tuumasid ja koosnevad teistest organellidest nagu lüsosoomid, Golgi kompleks, endoplasmaatiline retikulum, mitokondrid ja kloroplastid, samal ajal kui prokarüootidel pole tuumamembraani ega muid membraaniga ümbritsetud organelleid.
Prokarüootides on flagellum valmistatud kahest valgu ehitusplokist; ja rakusein on keemiliselt keeruline ja valmistatud peptidoglükaanist (aminohapete ja suhkru üksik suur polümeer), Â samal ajal kui eukarüootide flagellum on keerukam mitme mikrotuubuliga ja kui rakuseinad on olemas, on need keemiliselt lihtsad.
Prokarüootides toimub rakkude jagunemine binaarse lõhustumise teel ja meioosi ei toimu, vaid ainult DNA fragmentide ülekandmine toimub konjugeerimise teel. Rakkude jagunemine eukarüootides toimub mitoosi kaudu ja seksuaalne paljunemine toimub meioosi kaudu.
Eukarüootides koosneb plasmamembraan steroolidest ja süsivesikutest. Tsütoplasma koosneb tsütoskeletonitest ja tsütoplasma voogesitus on olemas. Ribosoomid on suuremad (80S) ja väiksemad (70S) ning kromosoomid on mitu ja histoonidega lineaarselt paigutatud. Eukarüootide DNA on palju keerukam kui prokarüootide DNA.
Prokarüootides ei sisalda plasmamembraan süsivesikuid ega steroole. Tsütoplasmas ei ole tsütosketooni ega tsütoplasmaatilist voogesitust. Ribosoomid on väiksema suurusega (70S) ja esinevad ühe ümmarguse kromosoomina, mis ei koosne histoonidest.