Kõigi kõvaketta failide jälgimiseks loodi Fat32 ja NTFS. Bill Gatesi ja Marc McDonald'i loodud rasv (File Allocation System) on neist kahest vanem ja on pärast selle esmakordset ilmumist aastal 1977. teinud läbi palju muudatusi. Arv tähistab bittide arvu, mis on vajalik faile. Fat16 on olnud standard juba mõnda aega, kuni turule jõudis üle 4 GB mahutavusega kõvaketas, kus Fat32 loodi.
Teisest küljest on NTFS-failisüsteem sündinud operatsioonisüsteemi OS / 2 kasutatavast HPFS-failisüsteemist, IBMi ja Microsofti koostöös. Kui tehingut läbi ei surutud, ilmusid NTFS-is mõned HPFS-i funktsioonid, kui see ilmus Windows NT-platvormi jaoks. Sellest ajast alates on see välja töötatud ja ilmub uuemates Windowsi versioonides, nagu XP, Vista ja varsti ilmuvas Windows 7-s. Microsoft omab NTFS-i patenti ega avalda seega üksikasju failisüsteemi kohta, mis teeb ainult NTFS-draive pikka aega Windowsi süsteemidele loetav, kuigi juba on olemas mõned Linuxi rakendused, mis võimaldavad juurdepääsu NTFS-draividele, kuid ilma selle silmapaistvate funktsioonideta.
Fat32 on väga lihtsustatud ja kohevuseta süsteem, mis on samuti väga dokumenteeritud. See ei tee tegelikult palju muud, kui failide asukoha jälgimist. Seetõttu on sellest saanud enamiku kaasaskantavate salvestuskandjate, näiteks mälupulkade, mp3-mängijate ja mälukaartide jaoks valitud failisüsteem..
NTFS-failisüsteem on vastupidine, pakkudes mitmeid täiustusi, mis ei paranda mitte ainult selle jõudlust, vaid ka turvalisust. Üks neist on läbipaistev failide tihendamine, mis tihendab faili automaatselt kettale kirjutamise ajal. See võib potentsiaalselt kettaruumi vabastada, kuid failide laadimine võib võtta veidi aega. Teine võimalus on kettakvoodid, kus süsteemiadministraator saab määrata, kui suurt osa kettast teatud kasutaja saab kasutada.
NTFS- ja FAT32-failisüsteemide vahel valimine on suhteliselt lihtne ülesanne. Lihtsustatult öeldes on NTFS parem valik, kui soovite selle Windowsi arvutisüsteemis juurutada. Mitte ainult kiiruse parandamise, vaid ka mitmete funktsioonide tõttu. See pole siiski kaasaskantava meediumi puhul soovitatav, kuna enamikul seadmetel ja muudel opsüsteemidel on raskusi või nad ei pääse otse NTFS-draividele.