Erinevus eksomeeside ja RNA järjestuse vahel

Peamine erinevus - Exome vs RNA järjestamine
 

Nukleiinhapete järjestamine on tehnika, mis määrab nukleotiidide järjestuse organismi DNA või RNA konkreetses fragmendis. Järjestus on oluline raku DNA ja RNA struktuuri tuvastamiseks ning funktsionaalseid valke kodeerivate geenide eristamiseks; seega saab sekveneerimist kasutada nende geenide mutatsioonide ja geeniekspressioonide mõistmiseks. Järjestamismeetodid, mida tavaliselt kasutatakse, on Sangeri järjestusmeetod või uuema põlvkonna arenenumad järjestamismeetodid. Eksome sekveneerimine on organismis esinevate eksonite või kodeerivate DNA piirkondade komplekti sekveneerimine, samas kui RNA järjestamine on ribonukleiinhapete (RNA) järjestuse määramise protseduur. See on peamine erinevus eksome ja RNA järjestamise vahel.

SISU

1. Ülevaade ja peamised erinevused
2. Mis on Exome sekveneerimine
3. Mis on RNA järjestamine
4. Exome ja RNA järjestamise sarnasused
5. Kõrvuti võrdlus - Exome vs RNA järjestamine tabelina
6. Kokkuvõte

Mis on Exome sekveneerimine?

Exome on genoomi alamhulk, mis koosneb konkreetse organismi kodeerivatest geenidest. Kodeerivaid geene nimetatakse eksoniteks ja need transkribeeritakse mRNA-sse ja transleeritakse seejärel aminohapete järjestusteks. Transkriptsioonijärgsete modifikatsioonide käigus eemaldab RNA splaissimismehhanism eukarüootides intronid (mittekodeerivad piirkonnad) ja eksonid jäävad alles. Eksome järjestamisel on kaks peamist tehnikat: lahendusel ja massiivil.

Lahusel põhinevas eksomeerimise järjestamisel fragmenteeritakse DNA proovid kas restriktsiooniensüümide või mehaanilise meetodi abil ja denatureeritakse kuumuse abil. Selles tehnikas kasutatakse genoomi sihtpiirkondadega selektiivseks hübridiseerimiseks biotinüleeritud oligonukleotiidsonde (söötu). Sidumisetapis kasutatakse magnetilisi streptavidiinhelmeid. Seondumisele järgneb pesemisetapp, kus seondumata ja sihitamata järjestused pestakse ära. Seotud sihtmärgid amplifitseeritakse seejärel polümeraasi ahelreaktsiooni (PCR) abil ja seejärel sekveneeritakse, kasutades Sangeri sekveneerimise või järgmise põlvkonna sekveneerimise tehnikaid..

Joonis 01: Exome sekveneerimine

Massiivipõhine meetod sarnaneb ka lahusel põhinevale meetodile, välja arvatud see, et DNA fragmendid hõivatakse mikrotiivrisse ja seejärel järgnevad sidumise ja pesemise etapid enne nende järjestamist.

Eksome järjestamist kasutatakse paljudes rakendustes, nagu haiguste geneetiline diagnoosimine, geeniteraapias, uute geneetiliste markerite tuvastamisel, põllumajanduses mitmesuguste kasulike agronoomiliste tunnuste tuvastamiseks ja taimede aretusprotseduurides..

Mis on RNA järjestamine?

RNA järjestamine põhineb transkriptoomil, mis on raku täielik transkript. RNA järjestamise põhieesmärgid on kataloogida kõik transkripti liigid, sealhulgas mRNA, mittekodeeriv RNA ja väike RNA, geenide transkriptsioonilise struktuuri määramiseks ja iga transkripti ekspressioonitasemete kvantifitseerimiseks väljatöötamise ajal. RNA järjestamise ajal kasutati järjestamiseks algselt hübridisatsioonitehnoloogiaid (mis olid komplementaarsed DNAd, mis olid saadud küpsetest mRNA järjestustest). Praegu kasutatakse RNA järjestamiseks täpsemat ja täpsemat tehnikat.

Joonis 02: RNA järjestus

RNA järjestamisel muundatakse RNA proov, mis võib olla kogu RNA või fraktsioneeritud RNA, pöördtranskriptsiooni abil selle komplementaarseks DNA-ks (cDNA) ja valmistatakse cDNA raamatukogu. Iga cDNA fragment kinnitatakse adapterite külge mõlemal küljel (paarilise otsa sekveneerimine) või ühel küljel (ühe otsa sekveneerimine). Need märgistatud järjestused sekveneeritakse, kasutades Sangeri sekveneerimist või järgmist põlvkonda, nagu eksome sekveneerimine.

Millised on Exome ja RNA järjestamise sarnasused?

• Exome või RNA järjestamiseks võib kasutada lühikeseks valitud fragmente või kogu DNA / RNA komplekti.
• Järjendatud fragmente säilitatakse raamatukogudes.
• Kasutada võib Sangeri või järgmise põlvkonna sekveneerimist.
• Mõlemad on in vitro järjestamismeetodid.
• Järjestusega fragmente saab määrata fluorestsentsmärgiste abil.

Mis vahe on Exome ja RNA järjestuse vahel??

Exome vs RNA järjestamine
Eksome sekveneerimine on organismis esinevate eksonite või kodeerivate DNA piirkondade komplekti järjestamine.	RNA järjestamine viitab ribonukleiinhapete (RNA) järjestamisprotseduurile; stenogramm.
Proovi alustamine
Eksoomi sekveneerimise lähteprooviks on genoomne DNA.	RNA on RNA järjestamise lähteproov.
Koostis
See sisaldab ainult kogu DNA kodeerivaid piirkondi, mida nimetatakse eksoniteks	See sisaldab RNA-mRNA / transkripti.
Järjestus
Eksome järjestamisel on kaks peamist meetodit; lahendus- ja massiivipõhised tehnoloogiad.	RNA järjestamine toimub cDNA raamatukogu ettevalmistamise teel, ekstraheerides kogu RNA või fragmenteeritud RNA.

Kokkuvõte - Exome vs RNA järjestus

Exome on organismi kodeerivate piirkondade täielik komplekt ja Exome'i täpse nukleotiidijärjestuse määramiseks kasutatavaid tehnikaid nimetatakse eksome sekveneerimiseks. RNA järjestamine on meetod, mille abil määratakse organismi RNA nukleotiidide järjestus. See on erinevus eksoomi ja RNA järjestamise vahel.

Laadige alla Exome vs RNA järjestuse PDF-versioon

Selle artikli PDF-versiooni saate alla laadida ja seda võrguühenduseta otstarbel kasutada tsitaatide märkuse kohaselt. Laadige alla PDF-versioon siit. Exome'i ja RNA järjestuse erinevus

Viited:

1.Wang, Zhong jt. "RNA-Seq: revolutsiooniline tööriist transkriptika jaoks." Loodusülevaated. Geneetika, USA Riiklik Meditsiiniraamatukogu, jaanuar 2009, saadaval siit. Juurdepääs 3. septembril 2017.
2.Warr, Amanda jt. "Exome sekveneerimine: praegused ja tulevikuperspektiivid." G3: geenid | genoomid | geneetika, Ameerika geneetikaühing, august 2015, saadaval siin. Juurdepääs 3. septembril 2017.

Pilt viisakalt:

1. “Exome Sequencing Workflow 1a”: autorid Malachi Griffith, Jason R. Walker, Nicholas C. Spies, Benjamin J. Ainscough, Obi L. Griffith - (CC BY 2.5) Commons Wikimedia kaudu
2. SarahKusala - “Journal.pcbi.1004393.g002” - Omad tööd (CC BY 3.0) Commonsi Wikimedia kaudu