Erinevus eksomeetri ja transkriptomi vahel

Peamine erinevus - Exome vs Transcriptome
 

Geen sisaldab kodeerivaid ja mittekodeerivaid piirkondi. Kodeerivaid järjestusi tuntakse eksonidena ja mittekodeerivaid järjestusi kui introne. Geeni eksonite nukleotiidjärjestus tähistab geeni geneetilist koodi spetsiifilise valgu sünteesimiseks. Seega jäävad eksonid mRNA molekuli. Genoomi kogu eksonipiirkonda tuntakse eksoomina ja see on genoomi oluline osa. Geenide geneetiline kood muundatakse mRNA molekuli geneetiliseks koodiks, mis on vajalik valgu tootmiseks. Rakus või rakupopulatsioonis korraga transkribeeritud mRNA molekule nimetatakse transkriptoomiks. Peamine erinevus eksomeetri ja transkriptomi vahel on see eksoom esindab genoomi eksonipiirkondade järjestusi samas transkriptoom esindab raku või koe kogu mRNA-d antud ajahetkel.

SISU
1. Ülevaade ja peamised erinevused
2. Mis on Exome
3. Mis on transkriptoom
4. Kõrvuti võrdlus - Exome vs Transcriptome
5. Kokkuvõte

Mis on Exome?

Geenid koosnevad eksonitest, intronitest ja regulatoorsetest järjestustest. Eksonid on geenipiirkonnad, mis transkriptsiooni käigus transkribeeritakse mRNA järjestusse. Intronid ja muud mittekodeerivad piirkonnad eemaldatakse transkriptsiooni käigus. Eksonite nukleotiidijärjestus määrab geeni geneetilise koodi, mis sünteesib konkreetset valku, mida see kodeerib. Ainult eksonid jäävad valgu mRNA-sse. Eksooni kogumist genoomis tuntakse kui organismi eksoomi. See esindab genoomi osa, mida ekspresseeritakse geenides. Inimestel moodustab eksoom 1% genoomist. See on inimese genoomi valke kodeeriv osa.

Joonis 01: Exome

Mis on transkriptomeeter?

Transkriptoom on kõigi valku kodeerivate ja mittekodeerivate transkriptide (RNA) kogum antud koes. Transkriptoom esindab rakus või koes geenide poolt ekspresseeritud kogu mRNA molekulide kogumit. Lahtri transkriptoomi saab varieerida teise rakutüübi transkriptoomiga. Transkriptoom on samuti dünaamiline - see muutub aja jooksul reageerides nii sisemistele kui ka välistele stiimulitele. Isegi samas koes või sama rakutüübi piires võib transkriptoom muutuda mõne minuti pärast.

Transkriptoom erineb organismi eksomeest. Transkriptoom sisaldab ainult ekspresseeritud eksoomi järjestusi. Ehkki raku eksoom jääb samaks, erineb transkriptoom rakkudes, kuna geeniekspressioon ei ole kõigi rakkude ega kudede puhul ühesugune. Erinevates rakkudes ja kudedes ekspresseeritakse ainult hädavajalikke geene. Geeniekspressioon on koe- või rakutüübispetsiifiline protsess. Seda reguleerivad mitmesugused tegurid, sealhulgas keskkonnategurid. Seetõttu võib transkriptuur sõltuda välistest keskkonnatingimustest.

Transkriptoomi kasutatakse proteoomika uuringute eelkäijana. Kõik valgud on saadud mRNA järjestustest. Translatsioonilised modifikatsioonid võivad põhjustada muutusi valkudes. Kuid transkriptoom annab olulist põhiteavet proteoomiliste uuringute jaoks.

Joonis 02: Embrüonaalsete tüvirakkude transkriptoom

Mis vahe on Exome ja Transcriptome vahel??

Exome vs Transcriptome
Exome on geenide valke kodeeriva piirkonna kogum.	Transkriptoom on kõigi transkribeeritud RNA, sealhulgas mRNA, kogum.
Proov
Exome uuritakse DNA proovi abil.	Transkriptoomi uuritakse RNA proovi abil.
Õppemeetod
Exome kogu järjestus on eksome uurimise meetod.	RNA järjestamine on meetod transkriptoomi uurimiseks.

Kokkuvõte - Exome vs Transcriptome

Eksonid on geenide kodeerivad järjestused ja määravad valkude mRNA järjestused. Nende kodeerivate järjestuste (eksonite) kogumit tuntakse kui organismi eksoomi. Enne valkude valmistamist transkribeeritakse geenid mRNA molekulidesse. Raku või koe mRNA molekule on antud ajahetkel tuntud transkriptoomina. Transkriptoom esindab geene, mida igal ajahetkel aktiivselt ekspresseeritakse mRNA-sse. Transkriptoom on raku- ja koespetsiifiline ning mõjutab keskkonnatingimusi. See on erinevus eksomeetri ja transkriptomi vahel.

Viited:
1.Sarah jt, "Kaheteistkümne inimese sissetulekute sihipärane hõivamine ja massiliselt paralleelne järjestamine." Loodus. USA Riiklik Meditsiiniraamatukogu, 10. september 2009. Veeb. 01. aprill 2017
2.Mutz jt. “Transkriptoomianalüüs järgmise põlvkonna järjestamise abil.” Elsevier: artiklite otsija. N.p., september 2012. Veeb. 01. aprill 2017

Pilt viisakalt:
1. “Pluripotentsete rakkude transkriptoom”. Autorid Grskovic, M. ja Ramalho-Santos, M., Pluripotentne transkriptoom (10. oktoober 2008), StemBook, toim. Tüvirakkude teadusuuringute kogukond StemBook, doi / 10.3824 / stembook.1.24.1, http://www.stembook.org. - [1] DirectStemBook Joonis 2 Pluripotentsete rakkude transkriptom. G. Grskovic ja M. Ramalho-Santos, M. Pluripotentsed transkriptid (10. oktoober 2008), StemBook, toim. Tüvirakkude teadusringkond StemBook, doi / 10.3824 / stembook.1.24.1, (CC BY 3.0) Commonsi Wikimedia kaudu