Erinevus geeni väljalülitamise ja koputamise vahel

võtme erinevus geenide väljalülitamise ja mahajätmise vahel on see, et geenide väljalülitamine on tehnika, mille korral huvipakkuv geen eemaldatakse täielikult (mittetöötav olek) samal ajal geeni funktsioonide uurimiseks geenide hävitamine on veel üks meetod, kus huvipakkuv geen vaigistatakse uurida konkreetse geeni rolli bioloogilises süsteemis.

Geenide toimimise uurimiseks elusas bioloogilises süsteemis on kasutusel erinevad geneetilised tehnikad. Kaks sellist tehnikat on geenide röövimine ja rüüstamine. Need tehnikad aitavad teadlastel tuvastada elusorganismide erinevate geenide funktsionaalseid aspekte.

SISU

1. Ülevaade ja peamised erinevused
2. Mis on Gene Knockout
3. Mis on Gene Knockdown
4. Gene Knockouti ja Knockdowni sarnasused
5. Kõrvuti võrdlus - tabeli kujul geeni väljalülitamine vs nokaut
6. Kokkuvõte

Mis on Gene Knockout?

Geenide koputus on geneetiline tehnika, mis muudab ühe või mitu geeni elusorganismides töötuks. See on ka organismi geeni väljalülitamise või kustutamise protsess. Selle tehnika peamine eesmärk on uurida geenifunktsiooni. Protsess hindab kaotatud või eemaldatud geeni mõju. Knockout protsess hõlmab ka teatud ensüüme ja splaissimismeetodeid.

Joonis 01: Gene Knockout

Geenide väljalülitamise tehnikas on kaasatud geenide arvu põhjal vähe variatsioone. Nemad on kahekordne koputus (kahe geeni väljalülitamine), kolmekordne koputus (kolme geeni väljalülitamine) ja neljakordne koputus (nelja geeni väljalülitamine). Geenide väljalülitamine liigitatakse täiendavalt kahte rühma; heterosügootsed koputused ja homosügootsed koputused.

Mis on Gene Knockdown?

Geenide hävitamine on eksperimentaalne protseduur, kus see protseduur pärsib või vähendab organismi konkreetse geeni või geenide ekspressiooni. Geeni vaigistamine on geenide knokatsiooni üldine määratlus. Selle protseduuri ajal hõlmab toodetud mRNA aktiveerimine või lagundamine RNA interferentsi (RNAi), väikest segavat RNA (siRNA) ja lühikese juuksenõelaga RNA (shRNA).

Joonis 02: Geeni vaigistamine

Geenide pealekandmise peamine eesmärk on konkreetse geeni rolli uurimine bioloogilises süsteemis. Seetõttu täidab see meetod onkogeenide (Bcl-2 ja P53) ning geenide, mis põhjustavad neuroloogilisi haigusi, viirusnakkusi ja pärilikke haigusi, uurimist.

Millised on sarnasused Gene Knockouti ja Knockdowni vahel?

• Nii geenide väljalülitamine kui ka geenide mahajätmine on geneetilised tehnikad.
• Need kaks tehnikat võivad takistada geeniekspressiooni.
• Mõlema meetodi peamine kasutamine on huvipakkuva geeni funktsiooni uurimine.
• Mõlemad on võimelised tuvastama erinevaid haigusseisundeid (geneetilised).
• Neid mõlemaid saab kasutada ühe või mitme huvipakkuva geeni jaoks.

Mis vahe on Gene Knockout ja Knockdown vahel?

Gene Knockout vs Knockdown
Geeni koputus on organismi geenide töö (geenide eemaldamine DNA-st) erinevate geneetiliste tehnikate abil.	Geenide mahajätmine on eksperimentaalne protseduur organismi konkreetse geeni või geenide ekspressiooni pärssimiseks (vähendamiseks või vaigistamiseks).
Funktsioon
Hõlbustab geenide funktsioonide uurimist, analüüsides kaotatud geeni tulemusi.	Hõlbustab onkogeenide, neuroloogilisi haigusi, viirusinfektsioone ja pärilikke haigusi põhjustavate geenide uurimist.
RNA esindajate kaasamine
Selle meetodi puhul on RNA-ainete kaasamine ebaoluline.	Protsess hõlmab mRNA inaktiveerimiseks selliseid aineid nagu siRNA, shRNA ja RNAi.
Keemiliste ainete kasutamine
Kasutatakse ensümaatilisi aineid.	Selliseid keemilisi aineid ei kasutata.
Mõju geenile
Eemaldab geeni täielikult DNA-st.	Summutage või vaigistage geen.
Klassifikatsioon
Topelt-, kolmekordne ja neljakordne koputus ning heterosügootne ja homosügootne koputus on erinevat tüüpi geenide väljalülitamine.	Geeni vaigistamiseks selliseid klassifitseerimissüsteeme pole.

Kokkuvõte - Gene Knockout vs Gene Knockdown

Kaks tehnikat, mida me siin arutasime; geenide väljalülitamine ja knockdown on meetodid erinevate geenide funktsioonide uurimiseks. Geeni väljalülitamine muudab geeni täielikult töötuks, samas kui geeni väljalülitamine vaigistab huvipakkuva geeni. Kuid mõlemad protseduurid takistavad geeni ekspressiooni. Erinevad agendid on võimelised neid kahte protsessi läbi viima. Geeni väljalülitamine on teatud tüüpi kustutamine, samas kui geeni väljalülitamine on inaktiveerimise tüüp. See on erinevus geenide väljalülitamise ja koputamise vahel.

Viide:

1.Shaffer, Katariina. "Gene Knockout versus Knockdown." News-Medical.net, 12. veebruar 2018. Saadaval siin  
2. “Gene Knockout”. Loodusuudised, Looduskirjastusgrupp. Saadaval siin

Pilt viisakalt:

1.'Knockout Mice5006-300'By Maggie Bartlett, NHGRI. (Avalik domeen) Commonsi Wikimedia kaudu 
2. "RNAi-lihtsustatud" Matzke MA, Matzke AJM (2004) Uue paradigma seemnete istutamine. PLoS Biol 2 (5): e133 doi: 10.1371 / ajakiri.pbio.0020133., (CC BY 2.5) Commonsi Wikimedia kaudu