Geenide kaardistamise ja geenide järjestamise erinevus

võtme erinevus geenide kaardistamise ja geenide järjestamise vahel on see geenikaardistamine on tehnika, mis tuvastab geeni asukoha genoomis ja geenide vahelised kaugused, samas kui geenide järjestamine on tehnika, mis tuvastab geeni nukleotiidide täpse järjekorra.

Geenide kaardistamine ja geenijärjestus on geenidiagnostikas olulised geenide olemasolu kindlakstegemiseks ja kinnitamiseks. Seega mängivad geenikaardi dedutseerimisel olulist rolli sellised molekulaarsed tehnikad nagu geelelektroforees ja polümeraasi ahelreaktsioon. Lisaks on geenijärjestuse genereerimisel oluline kasutada erinevaid sekveneerimise tehnikaid, näiteks Sangeri sekveneerimine ja järgmise põlvkonna sekveneerimine.

SISU

1. Ülevaade ja peamised erinevused
2. Mis on geenikaardistamine 
3. Mis on geenijärjestus
4. Geeni kaardistamise ja geenijärjestuse sarnasused
5. Kõrvuti võrdlus - geenide kaardistamine vs geenide järjestamine tabelina
6. Kokkuvõte

Mis on geenikaardistamine?

Geenikaardistamine on geenide geograafilise asukoha täieliku kaardi genereerimise tehnika kromosoomis. Kromosoomi kaardistamine on geenide kaardistamise sünonüüm. Lisaks pakub see tehnika teavet kromosoomis paiknevate spetsiifiliste geenide kohta. Veelgi enam, geenikaardistamisel kasutatakse kaardistamise ajal füüsikalisi kaardistamismeetodeid.

Joonis 01: geenide kaardistamine

Geenikaardistamine võib aidata leida kromosoomaberratsioone. Seetõttu toimib geenikaart diagnostilise vahendina selliste seisundite tuvastamiseks nagu Downsi sündroom ja Turnersi sündroom jne. Karüotüpiseerimine on üks meetod, mida saab kasutada geneetilise kaardi genereerimiseks. Värvimine on oluline meetod geneetilise kaardi genereerimisel, kus kasutatakse selliseid plekke nagu etiidiumbromiid, akridiinoranž ja Giemsa. Geenikaardistamine võib genereerida ka ahelatekaarte, kus lingitud geenide asukoht tuvastatakse.

Mis on geenijärjestus?

Geenijärjestus on tehnika, mida kasutatakse geeni täpse aluspaari järjestuse tuvastamiseks ja järeldamiseks. Seega saab geenijärjestuse abil järeldada adeniini, guaniini, tümiini ja tsütosiini aluste järjekorda järjestuses. Esimene täisgenoomi järjestamine toimus mikroorganismides. Inimese genoomi järjestamise projekt oli üks pöördepunkte molekulaarbioloogia ajaloos. Praegu mängib geenijärjestus olulist rolli tööstuses ja meditsiinis. See kinnitab täpselt konkreetse geeni olemasolu genoomis.

Joonis 02: geenijärjestus

Geeni järjestamiseks on erinevaid tehnikaid. Maxam ja Gilbert olid teerajajad keemilise meetodi juurutamisel geenide või DNA järjestamiseks. Potentsiaalselt ohtlike kemikaalide kasutamine viib aga keemiliste järjestuste määramise tehnikast loobumiseni. Hiljem tutvustas Sanger sekveneerimise tehnikat, milles ei kasutatud ohtlikke kemikaale. Kuid praegu mängivad automatiseeritud ja järgmise põlvkonna järjestamine olulist rolli konkreetse geeni järjestuse tuletamisel.

Millised on sarnasused geenikaardistamise ja geenijärjestuse vahel?

• Mõlemad tehnikad mängivad olulist rolli geneetilises diagnostikas.
• Need tehnikad on võimelised kinnitama geenide olemasolu genoomis.
• Mõlemas protsessis võib kasutada selliseid tehnikaid nagu polümeraasi ahelreaktsioon.

Mis vahe on geenide kaardistamisel ja geenide järjestamisel??

Peamine erinevus geenide kaardistamise ja geenide järjestamise vahel on teave, mida kaks tehnikat genereerivad. Geenikaardistamine annab teavet konkreetse geeni asukoha kohta kromosoomis, samal ajal kui geenijärjestus genereerib teavet konkreetse geeni aluspaaride järjestuse kohta. Mõlemad tehnikad mängivad siiski rolli geeni iseloomustamisel. Seega on kahe tehnika valmimiseks kuluv aeg ja kulud erinevad.

Allpool toodud infograafik võtab kokku erinevuse geenide kaardistamise ja geenide järjestamise vahel.

Kokkuvõte - geenikaardistamine vs geenijärjestus

Geeni kaardistamine ja geenijärjestus on kaks tehnikat, mis aitavad geeni iseloomustada. Ehkki geenikaart võimaldab geeni asukohta leida, pakub geenijärjestus selle konkreetse geeni biokeemilisi andmeid. Geenikaardistamine ja geenijärjestus on geeniuuringutes ja geenidiagnostikas väga olulised. Veelgi enam, mõlemad tehnikad on nüüd automatiseeritud, et tagada tehnika kiire ja täpne. Geenide kaardistamise ja geenide järjestamise teel saadud teavet kasutatakse järgnevates protsessides molekulaardiagnostika ajal.

Viide:

1. Brown, Terence A. “Genoomide kaardistamine”. Genoomid. 2. väljaanne, USA Riiklik Meditsiiniraamatukogu, 1. jaanuar 1970, saadaval siit.
2. “DNA Sequencing Technologies” loodusuudised, looduse kirjastamise rühm, saadaval siin.

Pilt viisakalt:

1. “NHGRI infoleht - geneetiline kaardistamine (27058469495)”, National Human Genom Research Institute (NHGRI), MD, USA-st Bethesdas - NHGRI infoleht: Geneetiline kaardistamine (CC BY 2.0) Commons Wikimedia kaudu
2. “154044” (CC0) Pixabay kaudu