Erinevus hierarhilise ja kogu genoomi haavlipüsside järjestuse vahel

võtme erinevus hierarhilise ja kogu genoomi haavlipüsside järjestamise vahel on see hierarhilises püstoli sekveneerimisel purustatakse genoom enne sekveneerimist suuremateks fragmentideks, samas kui kogu genoomi haavlipüsside sekveneerimisel jagatakse kogu genoom sekveneerimiseks väikesteks fragmentideks.

Sekveneerimine on oluline meetod molekulaarprotsessides, eriti liikide täpsel tuvastamisel. Tegelikult on see geeni või genoomi nukleotiidide täpse järjekorra tuvastamise tehnika. Järjestamiseks on palju tehnikaid. Mõned neist hõlmavad Maxam Gilberti meetodit, Sangeri meetodit ja automatiseeritud Sangeri meetodit.

SISU

1. Ülevaade ja peamised erinevused
2. Mis on hierarhiline haavli püstitamine
3. Mis on kogu genoomi haavlipüsside järjestus
4. Sarnasused hierarhilise ja kogu genoomi haavlipüsside järjestamise vahel
5. Kõrvuti võrdlus - hierarhiline vs kogu genoomi haavlipüsside järjestamine tabelina
6. Kokkuvõte

Mis on hierarhiline haavli püstitamine?

Hierarhiline haavlipüsside järjestamine on üks järjestusmeetod. Seda nimetatakse ka ülalt alla järjestamiseks. Lisaks koosneb see meetod kahest etapist: esimene samm on genoomi amplifitseerimine ja teine ​​samm on genoomi killustamine. Selle meetodi korral lõigatakse genoom kõigepealt suurteks fragmentideks. Sellele järgneb nende suurte fragmentide kloonimine erinevatesse peremeestesse, kasutades vektoreid või kunstlikke kromosoome. Seejärel paigutatakse need rekombinantsed vektorid raamatukokku. Laskerelva sekveneerimise käigus sekveneeritakse rekombinantsed vektorkloonid individuaalselt. Kloonides olevad fragmendid lõhustatakse genoomi suuruse edasiseks vähendamiseks restriktsiooni teel, sekveneerides.

Joonis 01: Hierarhiline haavlipüsside järjestus

Hierarhilise püstoli järjestamise ajal tuleb enne püssikujunduse järjestamist fragmentide suured tükid järjekorras seada. See toimub kloonimisprotsessi käigus lisatud molekulaarsete markerite abil.

Hierarhiline haavlipüsside järjestamine loob madala eraldusvõimega geenikaardi. Kuid see loob tellitud jadakaardi. Seega võtab see pikemat aega kui otsene järjestamine. Rekombinantse vektorraamatukogu loomise tõttu venib kogu protsess. Kas see on ka töömahukas tehnika. Kuid praegu on tehnika töö hõlbustamiseks automatiseeritud.

Mis on kogu genoomi haavlipüsside järjestus?

Terve genoomi haavlipüsside sekveneerimine on üheastmeline järjestusprotsess. Selles protsessis toimub kõigepealt kogu genoomi pügamine. Pärast seda sekveneeritakse kõik need väikesed fragmendid juhuslikult. Pärast sekveneerimise lõpuleviimist toimub järjestuste analüüs. Jadade analüüsi käigus kattuvad järjestused eemaldatakse ja analüüs ei ole tellitud protsess. Seetõttu on jadade kokkupanek vähem efektiivne protsess võrreldes hierarhilise haavlipüsside järjestamisega. Kogu genoomi haavlipüsside sekveneerimine on siiski kiirem ja kogu genoomi analüüs võib toimuda ühel juhul.

Millised on hierarhilise ja kogu genoomi haavlipüsside järjestamise sarnasused?

• Hierarhiline ja kogu genoomi haavlipüsside sekveneerimine on kaks järjestuse lähenemisviisi.
• Mõlemad läbivad Sangeri sekveneerimise või automatiseeritud Sangeri sekveneerimise meetodid.
• Nad osalevad DNA ja RNA fragmentide järjestamises.
• Lisaks on mõlemad meetodid olulised molekulaardiagnostikas ja uurimistöös.
• Praegu on mõlemad tehnikad automatiseeritud või arvutipõhised.
• Mõlemad tehnikad tuginevad genoomi killustatusele.

Mis vahe on hierarhilisel ja kogu genoomi haaval püstolil?

Hierarhiline haavlipüsside järjestamine genereerib suurema genoomi fragmente võrreldes täisgenoomi haavlipüsside sekveneerimisega, mis töötab jadade väikeste fragmentidega. Niisiis, see on peamine erinevus hierarhilise ja kogu genoomi püstoli järjestamise vahel. Lisaks koosneb hierarhiline püstoli järjestamine kahest peamisest etapist, samal ajal kui kogu genoomi püstoli järjestamine põhineb ühel suurel sammul.

Veel üks erinevus hierarhilise ja kogu genoomi püstoli järjestamise vahel on see, et eraldusvõime on kogu genoomi püstoli järjestamisel kõrgem kui hierarhilise püstoli sekveneerimise korral.

Allpool olev infograafik võtab kokku erinevused hierarhilise ja kogu genoomi püstoli sekveneerimise vahel.

Kokkuvõte - hierarhiline vs kogu genoomi haavlipüsside järjestamine

Hierarhiline ja kogu genoomi haavlipüsside sekveneerimine on kaks meetodit suurte genoomide järjestamiseks. Hierarhiline haavlijärjestus on kaheastmeline järjestusprotsess, mille käigus genoom purustatakse suuremateks fragmentideks. Seevastu kogu genoomi haavlipüsside sekveneerimine on üheastmeline sekveneerimine, kus genoom purustatakse väikesteks fragmentideks ja sekveneeritakse otse. Seega on see peamine erinevus hierarhilise ja kogu genoomi püstoli järjestamise vahel. Lisaks võivad tehnilised aspektid kahe meetodi puhul erineda.

Viide:

1. Waterston, Robert H, et al. "Inimese genoomi järjestamise kohta." Ameerika Ühendriikide Riikliku Teaduste Akadeemia Toimetised, Rahvuslik Teaduste Akadeemia, 19. märts 2002, saadaval siin.
2. Pal, Shital. “Geenivaramu järjestamine.” LinkedIn SlideShare, 4. november 2014, saadaval siin.

Pilt viisakalt:

1. „Terve genoomi haavlipüsside sekveneerimine versus hierarhiline püstoli sekveneerimine”, autorid Commins, J., Toft, C., Fares, M. A. - „Arvutuslikud bioloogiameetodid ja nende kasutamine putukate endotsellulaarsete sümbiootiliste bakterite võrdlevas genoomikas”. Biol. Protseduurid veebis (2009). Juurdepääs SpringerImages (CC BY-SA 2.5) kaudu Commons Wikimedia kaudu