Erinevus maksimaalse parsimoni ja maksimaalse tõenäosuse vahel

võtme erinevus maksimaalse parsimoni ja maksimaalse tõenäosuse vahel sõltub fülogeneetilise puu arendamisel kasutatud meetodist. Maksimaalne isendus keskendub tähemärkide oleku minimeerimisele fülogeneetilise puu ehituse ajal, samas kui maksimaalne tõenäosus on statistiline lähenemisviis fülogeneetilise puu joonistamisel sõltuvalt geneetiliste andmete vahelisest tõenäosusest.

Fülogeen on uudne lähenemisviis organismide klassifitseerimisele ja nomenklatuurile. Fülogenees tugineb geneetilistele andmetele ja evolutsioonilistele seostele. Geneetilised andmed on DNA järjestamise tulemus. Fülogeenias toimub organismide klassifitseerimine ühise esivanema põhjal. Fülogeneetilise suhte maksimaalne olemasolu ja maksimaalne tõenäosus suurendavad fülogeneetilise puu täpsust ja usaldusväärsust.

SISU

1. Ülevaade ja peamised erinevused
2. Mis on maksimaalne Parsimony 
3. Mis on maksimaalne tõenäosus
4. Maksimaalse parsimoni ja maksimaalse tõenäosuse sarnasused
5. Kõrvuti võrdlus - maksimaalne Parsimony vs Maksimaalne tõenäosus tabelina
6. Kokkuvõte

Mis on maksimaalne Parsimony?

Maksimaalse parsimoonia meetodis toimub fülogeneetilise analüüsi käigus tähemärgi oleku muutuste minimeerimine. Fülogeneetiline on bioloogia haru, mis tegeleb evolutsiooniliste suhete uurimisega. Fülogeneetiline puu on puu, mis näitab evolutsioonilisi suhteid ühise esivanema põhjal. Nii et fülogeneetilise puu joonistamisel maksimaalse parsimoni kontseptsiooni abil minimeeritakse paralleelse evolutsiooni hulk. Seetõttu genereerib maksimaalne parsim puu palju kiiremini kui muud meetodid. Põhjus on see, et maksimaalses patimonis võetakse arvesse ainult peamisi eristavaid tunnuseid.

Joonis 01: maksimaalne Parsimony

Maksimaalse ebatavalise puu joonistamisel on puu alati võimalikult lühike, minimaalse taksonite arvuga puu. Maksimaalse isepäise puu töökindlus on aga väga kõrge. Statistiline järjepidevus ja fülogeneetilise seose täpsus, mis põhineb maksimaalsel patimonil, varieeruvad. Lisaks on olemas keerulised algoritmid, mis analüüsivad fülogeneetilise seose maksimaalset osa.

Mis on maksimaalne tõenäosus?

Maksimaalne tõenäosus on üks enimkasutatavaid statistilisi meetodeid, mis analüüsib fülogeneetilisi seoseid. Selle meetodi abil analüüsitakse fülogeeniat tõenäosusmudeli alusel. Lisaks võtab see meetod arvesse nii keskmist kui ka dispersiooni. Seega saavutatakse fülogeneesis konkreetse organismi antud geneetiliste andmete korral maksimaalne tõenäosus.

Joonis 02: Maksimaalne tõenäosus

Maksimaalse tõenäosuse statistilise meetodi kasutamisel on nii eeliseid kui ka puudusi. Meetod on väga sobiv geneetilist teavet sisaldava lihtsa andmekogumi analüüsimisel. Kui geneetiliste andmete variatsiooniaste on madalam, on maksimaalse tõenäosuse skoorid usaldusväärsed. Maksimaalse tõenäosuse kaudu saadud tulemused kinnitavad veelgi konkreetse fülogeneetilise seose maksimaalseid parsimisjärke. Seetõttu toimib maksimaalse tõenäosuse analüüs kinnitava testina.

Võrreldes eelpool mainitud eelistega on see meetod aeglane ja intensiivne protsess. Lisaks on ühtse andmekogumi puudumisel kõrge veaväljund. Seega raskendab see ka maksimaalse tõenäosuse hindamise abil tulemuste reprodutseeritavust.

Millised on sarnasused maksimaalse parsimoni ja maksimaalse tõenäosuse vahel?

• Maksimaalne patimoniteet ja maksimaalne tõenäosus on kaks lähenemisviisi, mis mängivad fülogeneesias olulist rolli.
• Mõlemad tehnikad kujutavad olemasolevate geneetiliste andmete põhjal organismi suhet tema esivanemaga.
• Fülogeneetilisi puid saab tõlgendada nii maksimaalse parsimoni kui ka maksimaalse tõenäosusega.
• Mõlemas meetodis tuginevad geneetilised andmed DNA või RNA järjestamisele.
• Mõlemad meetodid on olulised fülogeneetiliste puude genereerimisel.

Milline on erinevus maksimaalse parsimooni ja maksimaalse tõenäosuse vahel?

Fülogeneetilise puu tõlgendamisel on mõlemad erinevad lähenemisviisid ja maksimaalne tõenäosus kaks erinevat lähenemisviisi. Maksimaalne patimon usub väheste omaduste analüüsimises ja iseloomu muutuste minimeerimises organismide vahel. Maksimaalse tõenäosuse meetodis võetakse seevastu arvesse nii keskmist kui ka dispersiooni ning saadakse maksimaalne tõenäosus konkreetse organismi antud geneetiliste andmete osas. Niisiis, see on peamine erinevus maksimaalse parsimooni ja maksimaalse tõenäosuse vahel.

Lisaks ei piisa järelduse tegemiseks ainuüksi maksimaalse parsimoni usaldusväärsusest. Maksimaalse tõenäosuse meetod toimib aga maksimaalse parsimoni tulemuste kinnitava testina. Seega tuleks järeldused teha nii maksimaalse samastuse kui ka maksimaalse tõenäosuse alusel.

Allpool toodud infograafik võtab kokku erinevuse maksimaalse parsimooni ja maksimaalse tõenäosuse vahel.

Kokkuvõte - maksimaalne Parsimony vs Maksimaalne tõenäosus

Fülogenees mängib olulist rolli evolutsiooniliste suhete tuletamisel, konstrueerides fülogeneetilisi puid. Maksimaalne patimon on puu konstrueerimise tehnika, mille puhul tähemärkide olek on minimaalselt muudetud. Seevastu fülogeneetilise puu maksimaalne tõenäosus sõltub geneetiliste andmete maksimaalse sarnasuse kasutamisest. Mõlema analüüsi andmed pärinevad DNA või RNA järjestuse andmetest. Töökindlus ja täpsus on kõrge, kui puu ehitamine toimub mõlemat tehnikat kasutades. Seega võtab see kokku maksimaalse parsimooni ja maksimaalse tõenäosuse erinevuse.

Viide:

1. Elliott. “Konkurss Parsimony ja tõenäosuse vahel.” OUP Akadeemiline, Oxford University Press, 1. august 2004, saadaval siit.

Pilt viisakalt:

1. “Haporühma B2b maksimaalne isepuu” - autorid Taboada-Echalar P, Álvarez-Iglesias V, Heinz T, Vidal-Bralo L, Gómez-Carballa A, Catelli L, et al. (2013) Koloniaalieelse perioodi geneetiline pärand tänapäevastes Boliiviates. PLOS ONE 8 (3): e58980. doi: 10.1371 / journal.pone.0058980 (CC BY 2.5) Commonsi Wikimedia kaudu
2. Lactarius blenniuse ja relativide maksimaalne tõenäosuspuu. Kasutaja poolt: Thkgk - Omatöö (CC0) Commonsi Wikimedia kaudu