Erinevus PCR praimerite ja järjestuspraimerite vahel
Share
Peamine erinevus - PCR praimerid vs Järjestus Praimerid
Hiljutiste arengutega molekulaarbioloogia valdkonnas töötati välja erinevad geneetilised tehnikad, mis muutsid katsealuse erinevate võimaluste uurimisprotsessid lihtsaks ja täpseks. PCR ja muud sekveneerimisprotseduurid on kaks olulist meetodit. Nad kasutavad erinevaid alakomponente. Praimereid peetakse peamiseks alakomponendiks, mis on ühised nii PCR kui ka järjestuse määramise tehnikates. PCR praimereid kasutatakse kindla DNA järjestuse amplifitseerimiseks, kuni sekvalentseid praimereid kasutatakse DNA fragmendi sekveneerimise kontekstis eesmärgiga paljastada selle nukleotiidijärjestuse konkreetne järjestus. See on võtme erinevus PCR praimerite ja sekveneerivate praimerite vahel.
SISU
1. Ülevaade ja peamised erinevused
2. Mis on PCR praimerid
3. Mis on järjestuslikud praimerid
4. PCR-i praimerite ja järjestuspraimerite sarnasused
5. Kõrvuti võrdlus - PCR praimerid vs järjestuspraimerid tabelina
6. Kokkuvõte
Mis on PCR praimerid?
Polümeraasi ahelreaktsioon (PCR) on geneetiline tehnika, mida kasutatakse molekulaarbioloogia valdkonnas konkreetse DNA segmendi ühe või paari koopia võimendamiseks ja paljude miljonite identsete koopiate saamiseks. PCR reaktsioonis kasutatakse erinevaid komponente, sealhulgas praimereid. Praimerid on lühikesed DNA ahelad, mille nukleotiidi pikkus on 18-25, muutes need ühilduvaks amplifitseeritavate DNA fragmentide alguse ja lõpupiirkonnaga. Praimerid võivad olla päripidised ja pöördpraimerid. Need praimerid seovad DNA fragmenti spetsiifilistes punktides, kus see paneb DNA polümeraasi seonduma selles kohas oleva spetsiifilise praimeriga ja algatama uue DNA ahela sünteesi.
Praimerite valik on PCR protsessi oluline aspekt. Praimeri pikkuse valik on oluline. Ideaalne pikkus oleks 18-25 nukleotiidi. Kui pikkus on liiga lühike või liiga pikk, ei seo praimerid täpselt amplifitseeritava DNA järjestusega. Liiga lühikese pikkusega praimerid viivad mittespetsiifilise praimeri lõõmutamiseni DNA järjestuse erinevates kohtades.
Joonis 01: PCR praimerid
Hea praimeri guaniini ja tsütosiini (GC) sisaldus peaks olema vahemikus 40-60. Praimeri lõõmutamistemperatuur ja sulamistemperatuur on PCR-i ajal olulised tegurid. Sulamistemperatuur tuleks arvutada täpselt ja praimeri lõõmutamise temperatuur peaks olema 5 0C on madalam kui sulamistemperatuur. Sulamistemperatuur peaks olema 60 ° C ja 75 ° C. Liiga kõrge või liiga madal temperatuur põhjustab DNA polümeraasi vähem aktiivsust.
Mis on järjestuslikud praimerid?
Järjestuspraimereid kasutatakse DNA fragmendi sekveneerimise kontekstis eesmärgiga paljastada selle spetsiifiline identiteet. Hea sekveneerimise tulemuse saamiseks on olulised kvaliteetsed praimerid ja mallid. Seega, kui praimerid valitakse, peaksid need olema unikaalsed konkreetses piirkonnas, kus me soovime sekveneerida. Samuti peaks see olema õige orientatsiooniga, kus järjestused genereeritakse tavaliselt praimerite 3 'kuni 5' otsadest. Sellel järjestusel ei tohiks olla soovimatut enesehübridiseerumist, näiteks juuksenõelte silmuste moodustumist. See ei tohiks sisaldada guaniinaluste järjestikust moodustumist.
Praimeri sulamistemperatuur (Tm) peab vastama järjestamise tingimustele. Seetõttu peaks see jääma vahemikku 52oC ja 74oC. Praimerina kasutatavate oligonukleotiidide ettevalmistamine peaks olema soovitud järjestuse täispikkuse saamiseks puhastatud. Kui oligonukleotiidid sisaldavad lisandeid, asetatakse praimerijärjestuse signaalimine erinevatele praimimiskohtadele ja see vähendab ka baasrakkude arvu.
Joonis 02: Praimerite järjestamine
Oligonukleotiidi praimeri sulamistemperatuur (Tm) määrab, kui tugevalt komplementaarsed DNA ahelad üksteisega hübridiseeruvad. Tm võib pidada termodünaamiliseks arvutamiseks, kui see sõltub mõlemast DNA järjestusest ja mitmetest tingimustest, näiteks soola kontsentratsioon. Tm on oluline PCR-i ajal, kus variandi, mida nimetatakse tsükli järjestamiseks, kasutatakse dideoksünukleotiididega lõpetatud fragmentide rühma tootmiseks. Siin lõõmutatakse lõhestatud praimer alternatiivselt, seejärel pikendatakse ja denatureeritakse lõpuks amplifikatsiooniks. Seetõttu peaks Tm väärtus olema vahemikus 52oC ja 74o C. Sünteesitud oligonukleotiide saab vastavalt oma valikule saada DNA / RNA sünteesi laboritest. DNA järjestamiseks kasutatav väike sünteesi skaala on tavaliselt 50 nmol. Samuti on kõige tähtsam sekveneerimiseks kasutatud praimerid puhastada lisanditest, mis takistavad kvaliteedi langust.
Millised on PCR-i praimerite ja järjestuspraimerite sarnasused?
- Nii PCR praimerid kui ka sekveneerivad praimerid on praimerid, mida kasutatakse suunatud DNA järjestuse amplifikatsiooniprotsessis.
- Nii PCR praimerid kui ka sekveneerivad praimerid koosnevad nukleotiididest.
- Nii PCR praimerid kui ka sekveneerivad praimerid on lühikesed oligomeerid.
Mis vahe on PCR praimerite ja järjestuspraimerite vahel?
PCR praimerid vs järjestuspraimerid | |
| PCR praimerid on lühikesed DNA ahelad nukleotiidijärjestuse pikkusega 18-25, mis muudab need ühilduvaks amplifitseeritavate DNA fragmentide algus- ja lõpppiirkonnaga. | Järjestuspraimerid on lühikesed oligomeerid, mida kasutatakse DNA fragmendi sekveneerimise kontekstis eesmärgiga paljastada selle spetsiifiline identiteet. |
| Funktsioon | |
| PCR praimereid kasutatakse konkreetse DNA järjestuse amplifitseerimiseks. | Järjestuspraimereid kasutatakse DNA fragmendi sekveneerimise kontekstis eesmärgiga paljastada selle spetsiifiline identiteet. |
| Vajalik praimerite arv | |
| Kaks praimerit; ühte päripidist praimerit ja ühte pöördpraimerit kasutatakse PCR praimeritena. | Järjestuspraimerina on vaja ainult ühte praimerit. |
Kokkuvõte - PCR praimerid vs Järjestus Praimerid
Järjestuspraimereid kasutatakse DNA fragmendi sekveneerimise kontekstis eesmärgiga paljastada selle spetsiifiline identiteet. Protsessi käivitamiseks piisab ühest sekveneerimispraimerist. Hea sekveneerimise tulemuse saamiseks on olulised kvaliteetsed praimerid ja mallid. Seega, kui praimerid valitakse, peaksid need olema unikaalsed konkreetses piirkonnas, kus me soovime sekveneerida. PCR praimerid on lühikesed DNA ahelad nukleotiidi pikkusega 18-25, mis sobib amplifitseeritavate DNA fragmentide algus- ja lõpppiirkonnaga. PCR praimerid võivad olla päripidised ja pöördpraimerid. Hea praimeri guaniini ja tsütosiini (GC) sisaldus peaks olema vahemikus 40-60. Praimeri lõõmutamistemperatuur ja sulamistemperatuur on PCR-i ajal üliolulised aspektid. See on erinevus PCR praimerite ja sekveneerivate praimerite vahel.
Viide:
1. “Polümeraasi ahelreaktsioon (PCR).” Khani Akadeemia. Saadaval siin
2. “Praimerite ja praimerite järjestamine.” Praimerite järjestamine ja praimerite kujundamine Ülikooli tuum DNA teenused | Calgary ülikool. Saadaval siin
Pilt viisakalt:
1.'Primers RevComp'By Zephyris - Oma töö, (CC BY-SA 3.0) Commonsi Wikimedia kaudu
2. DNA Sequencin 3 märgistusmeetodidBy Abizar (algne üleslaadija) inglise Vikipeedias - üle kandnud Gustavocarra., (Public Domain) Commonsi Wikimedia kaudu
