Erinevus proteoomika ja transkriptoomika vahel

Peamine erinevus - proteoomika vs transkriptika
 

Omi tehnoloogia on praegune suundumus, kus organismi erinevaid biomolekule vaadeldakse selle omaduste ja funktsioonide osas tervikuna. Omic-tehnoloogial on lai valik rakendusi. Bioloogilise proovi erinevad omikud hõlmavad genoomikat, proteoomikat, transkriptoomikat ja metaboomikat. Proteoomika hõlmab elusorganismi kõigi valkude täielikku uurimist. Seda määratletakse kui kõigi organismis ekspresseeritud valkude kogumit, selle struktuurseid ja funktsionaalseid omadusi. Seetõttu moodustavad proteiinide täieliku komplekti proteiinid. Transkriptoomika on kõigi elusorganismis esinevate Messenger RNA (mRNA) molekulide täielik uuring. Seega tegeleb transkriptoomika geenidega, mida elusorganismis aktiivselt ekspresseeritakse. MRNA kogu komplekti elusorganismis nimetatakse transkriptoomiks. võtme erinevus proteomika ja transkriptoomika vahel põhineb biomolekuli tüübil. Proteoomikas uuritakse elusorganismis ekspresseeritud valkude kogukomplekti, transkriptoomikas aga elusorganismi kogu mRNA-d.

SISU

1. Ülevaade ja peamised erinevused
2. Mis on proteoomika
3. Mis on transkriptika
4. Sarnasused proteoomika ja transkriptoomika vahel
5. Kõrvuti võrdlus - proteoomika vs transkriptoomika tabelina
6. Kokkuvõte

Mis on proteoomika?

Mõiste proteoomika loodi aastal 1995 ja seda määratleti algselt raku, koe või organismi valgukomplemendi koguhulgana. Edusammudega proteoomiliste uuringute käigus muudeti seda seejärel katusterminiks, millesse kaasati palju õppesuundi. Praegu uuritakse proteoomika teema all valkude struktuuri, orientatsiooni, funktsioone, koostoimeid, modifikatsioone, rakendusi ja valkude olulisust. Seetõttu tehakse praegu proteoomika valdkonnas palju uuringuid.

Esimesed proteoomilised uuringud tehti proteiinisisalduse määramiseks Escherichia coli. Valgu üldsisalduse kaardistamiseks kasutati kahemõõtmelisi (2D) geele. Selle edu saavutamisel liikusid teadlased loomade, näiteks merisigade ja hiirte üldvalgu sisalduse kirjeldamisse. Praegu tehakse inimese valkude kaardistamiseks 2D geelelektroforees.

Proteomika rakendused

Proteoomika uurimisel on palju eeliseid, kuna valgud on valkude katalüsaatori omaduste tõttu suurema osa aktiivsusest juhtivad molekulid. Seega võib tervete valkude uurimine anda teavet organismi tervisliku seisundi kohta. Mõned rakendused on;

1. Geenivaramu märkimine: Uurides organismi proteiinisisaldust, saab määrata aktiivse valguühendi eest vastutavad täpsed genoomid. Selles stsenaariumis on olulised kõigi genoomika, transkriptoomika ja proteoomika tulemused.
2. Haiguse tuvastamine / diagnostika: Proteomikat kasutatakse haigusseisundi tuvastamiseks, võrreldes terveid ja haigeid
3. Teostada valgu ekspressioon õppinud katsetamise ajal.
4. Valgu modifikatsioonid ja koostoimeuuringud: Valkude kasutamiseks in vitro tingimused või ja in vivo tingimused, et otsustada nende ekstraheeritud valkude säilitustingimuste üle ja uurida valgu käitumist in vitro, in vivo ja ränisisesed meetodid.

Joonis 01: Proteoomika

Proteoomikaga on seotud erinevad tehnikad

1. Koguvalgu ekstraheerimine ja valkude eraldamine 2D geelelektroforeesi abil. Valke saab eraldada ka kõrgefektiivse vedelikkromatograafia (HPLC) abil.
2. Ekstraheeritud valkude sekveneerimine, kasutades selliseid meetodeid nagu Edmundi sekveneerimismeetod või massispektromeetria.
3. Kui järjestused on kindlaks tehtud, analüüsitakse valgu sisalduse struktuurseid ja funktsionaalseid omadusi arvutipõhise tarkvara ja bioinformaatika tööriistade abil.

Mis on transkriptika?

Transkriptoomi termin on loodud hiljuti. Transkriptoomika on organismi kogu mRNA sisalduse uurimine. Kogu mRNA on elusorganismis või rakus ekspresseeritud DNA. MRNA kogu kollektsiooni nimetatakse transkriptoomiks.

Transkriptoomi analüüsimise sammud hõlmavad järgmist,

1. RNA ekstraheerimine, mRNA eraldamine, kasutades kolonnigeeli kromatograafiat polü-DT helmestega.
2. MRNA sekveneerimine toimub.

Mikrokiibi tehnoloogia on üks levinum viis organismi transkriptoomi tuvastamiseks. Mikrokiibi tehnika hõlmab prooviplaati koos transkriptoomi komplementaarsete ahelatega. Hübridiseerimisel saab iseloomustada organismis või rakkudes esinevat mRNA-d.

Joonis 02: Transkriptoomilised tehnikad

Transkriptoomikat kasutatakse meditsiinis laialdaselt. Haiguste diagnostika ja haiguste profileerimine on peamised valdkonnad, milles transkriptoomikat kasutatakse. Organismi transkriptoomi analüüsides saab tuvastada võõrast mRNA-d ja kui on nakkusi, saab selle tuvastada. Mittekodeerivat RNA-d saab transkriptoomsete tehnoloogiate abil eraldada. Samuti saab jälgida geenide ekspressiooni erinevates keskkonnamõjudes.

 Millised on sarnasused proteoomika ja transkriptoomika vahel?

• Mõlemad moodustavad osa omilise tehnoloogia kontseptsioonist.
• Mõlemat kasutatakse haiguste diagnoosimisel ja organismi haiguse iseloomustamisel.
• Mõlemad uuringupiirkonnad hõlmasid biomolekuli ekstraheerimist, biomolekula eraldamist ja järjestuse määramise etappe.

Mis vahe on proteoomikal ja transkriptoomikal??

Protemics vs transcriptomics
Proteoomika hõlmab elusorganismi kõigi valkude täielikku uurimist.	Transkriptoomika on kõigi elusorganismis esinevate Messenger RNA (mRNA) molekulide täielik uuring.
Uuritud biomolekulide tüüp
Valke uuritakse proteoomikas.	mRNA-d uuritakse transkriptoomikas.
Uuritud tegurid
Proteoomikas uuritakse valkude struktuuri, funktsiooni, interaktsioone, modifikatsioone ja rakendusi.	Transkriptoomikas uuritakse järjestuse struktuuri, interaktsioone keskkonnaga ja mRNA rakendusi.

Kokkuvõte - proteoomika vs transkriptika 

Omaanika mängib olulist rolli bioteaduste valdkonnas. Proteoomika tähendab proteoomi uurimist, mis moodustab rakus või organismis valkude täieliku kogumi. Transkriptoomika viitab transkriptoomi uurimisele, mis on kogu ekspresseeritud DNA komplekt, mis on mRNA vormis. Kaks uurimisvaldkonda, proteoomika ja transkriptoomika, saadi pärast genoomika kasutuselevõttu ning neid kasutatakse praegu laialdaselt meditsiinilises diagnostikas ning organismide iseloomustamisel ja sõeluuringul. See on erinevus proteoomika ja transkriptoomika vahel.

Laadige alla Proteomics vs Transcriptomics PDF

Selle artikli PDF-versiooni saate alla laadida ja seda võrguühenduseta otstarbel kasutada tsitaatide märkuse kohaselt. Laadige alla PDF-versioon siit: Erinevus proteoomika ja transkriptoomika vahel

Viide:

1.Horgan, Richard P ja Louise C Kenny. "Omic" tehnoloogiad: genoomika, transkriptoomika, proteoomika ja metaboomika. " Sünnitusarst ja günekoloog, Blackwell Publishing Inc, 18. juuli 2011. Saadaval siin  
2.Graves, Paul R. ja Timothy A. J. Haystead. “Molekulaarbioloogi juhend proteoomikale.” Mikrobioloogia ja molekulaarbioloogia ülevaated, Ameerika mikrobioloogia ühing, märts 2002. Saadaval siin
3.Lowe, Rohan jt. “Transkriptoomika tehnoloogiad.” PLoS arvutusbioloogia, teaduse avalik raamatukogu, mai 2017. Saadaval siin  

Pilt viisakalt:

1.'Proteomics'By Xxl7441 inglise keeles Wikibooks - üle kantud en.wikibooksist Commonsi., (Public Domain) Commonsi Wikimedia kaudu
2.Mikrokiir ja järjestusvoo rakk - Thomas Shafee - Oma töö, (CC BY 4.0) Commonsi Wikimedia kaudu