Erinevus juhuslike praimerite ja Oligo dT vahel

võtme erinevus juhuslike praimerite ja oligo dT vahel on see juhuslik praimer on segu kõigist võimalikest heksameeride oligonukleotiidijärjestustest, samas kui oligo dT praimer koosneb üheahelalisest 12-18 desoksütümidiini osast.

Pöördtranskriptsioon on mehhanism, milles cDNA-d saab sünteesida, kasutades mRNA-d või ükskõik millist RNA-d. CDNA tootmiseks tuleks pakkuda pöördtranskriptaasi ensüümi ja muid vajalikke komponente, eriti matriitsi ja praimereid. Praimerid on lühikesed DNA järjestused, mis on spetsiaalselt loodud sihtjärjestuste amplifitseerimiseks. Juhuslikud praimerid ja oligo dT praimerid on kaks tavalist praimeritüüpi, mida kasutatakse pöördtranskriptsioonis. Seetõttu on juhuslik praimer või oligo dT praimer lühikesed DNA oligonukleotiidjärjestused, mis on vajalikud pöördtranskriptaasi jaoks pöördtranskriptsiooni käivitamiseks. Sõltuvalt RNA matriitsist saab nende kahe praimeritüübi hulgast valida sobiva praimeri.

SISU

1. Ülevaade ja peamised erinevused
2. Mis on juhuslikud praimerid 
3. Mis on Oligo dT
4. Sarnasused juhuslike praimerite ja Oligo dT vahel
5. Kõrvuti võrdlus - juhuslikud praimerid vs Oligo dT tabelina
6. Kokkuvõte

Mis on juhuslikud praimerid?

Juhuslik praimer on oligonukleotiidide segu, mis esindab kõiki võimalikke heksameeride järjestusi. Juhusliku praimeri praimerjärjestus on 5 '- d (NNNNNNN) -3' N = G, A, T või C. Seetõttu võib juhuslikke praimereid kasutada üheahelalise DNA või RNA võimendamiseks DNA polümeraasi või pöördtranskriptaasi abil, vastavalt. Lisaks on juhuslik praimerisegu võimeline amplifitseerima RNA kõiki piirkondi, et tekitada cDNA. Seega toodab see erineva pikkusega cDNA-d.

Joonis 01: Juhuslikud praimerid

Kõige tähtsam on see, et juhuslik praimerisegu ei näita malli spetsiifilisust. See ei ole võimeline eristama mRNA-d ja teisi RNA liike. Ja lõõmutab see kõigi proovis olevate RNA liikidega. Juhuslik praimerisegu sobib aga RNA-de pöördtranskriptsiooniks ilma polü (A) sabadeta nagu rRNA, tRNA, mittekodeerivad RNAd, väikesed RNAd, prokarüootiline mRNA jne, lagunenud RNA ja teadaolevate sekundaarstruktuuridega RNA.

Mis on Oligo dT?

Oligo dT praimer on 12-18 deoksüetümiini (dT) osa. Praimerjärjestust saab esitada kui 5'-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT) -3. Seda kasutatakse cDNA tootmiseks mRNA-st, mis sisaldab polü (A) saba. Põhimõtteliselt toimib see pöördtranskriptaasi katalüüsitud reaktsiooni praimerina. Pöördtranskriptsiooni käigus lõõmub oligo dT praimer polü-adenüleeritud sabaga, mis asub enamiku eukarüootsete mRNA-de 3'-otsas, ja alustab protsessi.

Joonis 02: pöördtranskriptsioon Oligo dT Primer abil

Erinevalt juhuslikust praimerist ei sobi oligo dT praimer lagundatud RNA või RNA jaoks, millel puuduvad polü (A) sabad, sealhulgas prokarüootne RNA ja mikroRNA.

Millised on juhuslike praimerite ja Oligo dT sarnasused?

• Juhuslik praimer ja oligo dT praimer on kahte tüüpi praimereid, mida kasutatakse pöördtranskriptsioonis ja cDNA valmistamiseks.
• Juhusliku praimeri ja oligo dT praimeri kasutamine suurendab cDNA sünteesi tundlikkust.
• Need on üheahelalised lühikesed nukleotiidjärjestused.

Mis vahe on juhuslikel praimeritel ja Oligo dT-l??

Juhuslik praimer on juhuslikust järjestusest koosnev lühike oligonukleotiidjärjestus. Samal ajal on oligo dT praimer lühike ahel, mis koosneb 12 kuni 18 deoksüümüdiinist. Niisiis, see on peamine erinevus juhuslike praimerite ja oligo dT vahel. Juhusliku praimeri järjestus on 5 '- d (NNNNNN) -3' N = G, A, T või C. arvestades, et oligo dT praimeri järjestus on 5'-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT) -3 ' . Seetõttu võime seda pidada veel üheks erinevuseks juhuslike praimerite ja oligo dT vahel.

Pealegi ei näita juhuslikud praimerid matriitsispetsiifilisust ja lõõmavad mis tahes RNA liikidega, samas kui oligo dT praimerid näitavad spetsiifilisust eukarüootse mRNA polü (A) sabade suhtes.

Allpool toodud infograafik võtab kokku juhuslike praimerite ja oligo dT erinevuse.

Kokkuvõte - juhuslikud praimerid vs Oligo dT

Juhuslik praimer ja oligo dT praimer on kahte tüüpi praimereid, mida kasutatakse cDNA sünteesis. Juhuslik praimer koosneb oligonukleotiidide segust, mis esindab kõiki võimalikke heksameeride järjestusi, samal ajal kui oligo dT praimer on üheahelaline järjestus, mis koosneb 12 kuni 18 deoksüetümidiinist. Niisiis, see on peamine erinevus juhuslike praimerite ja oligo dT vahel. Lisaks on oligo dT praimerid kasulikud RNA täispikkuses pöördtranskriptsioonis polü (A) sabaga, samas kui juhuslikud praimerid on kasulikud enamiku RNA liikide pöördtranskriptsioonil, kaasa arvatud lagunenud RNA, RNA, millel puuduvad polü (A) sabad ja RNA, mis sisaldab sekundaarstruktuurid. Seetõttu ei näita juhuslik praimer matriitsispetsiifilisust, oligo dT praimer aga spetsiifilisust polü (A) saba sisaldava eukarüootse mRNA suhtes.

Viide:

1. “Vastupidise transkriptsiooni seadistamine: Thermo Fisher Scientific - USA.” Transkriptsiooni seadistamine | Thermo Fisher Scientific - USA, saadaval siit.

Pilt viisakalt:

1. Zephyrise “Primers RevComp” - Omad tööd (CC BY-SA 3.0) Commonsi Wikimedia kaudu
2. Lokeshthimmana “RT PCR mudel” - Omad tööd (CC BY-SA 4.0) Commonsi Wikimedia kaudu