Erinevus SDS-i lehe ja Western-bloti vahel

Peamine erinevus - SDS-leht vs Western Blot
 

Western blot on tehnika, mis tuvastab valguproovist spetsiifilise valgu. Seda tehnikat teostatakse mitme võtmeetapi kaudu: geelelektroforees, blotimine ja hübridiseerimine. Naatriumdodetsüülsulfaadi polüakrüülamiidi geelelektroforees (SDS-leht) on omamoodi geelelektroforeesi tehnika, mida kasutatakse valkude eraldamiseks vastavalt nende suurusele (molekulmassile). Western blot on spetsiaalne blotmembraani leht, mida kasutatakse valkude sama mustri ülekandmiseks SDS-lehel. Peamine erinevus SDS-i lehe ja Western bloti vahel on see SDS-leht võimaldab segus valkude eraldamist samas Western blot võimaldab tuvastada ja kvantifitseerida konkreetset valku segust. Mõlemad on kasulikud valguanalüüsi uuringutes.

SISU
1. Ülevaade ja peamised erinevused
2. Mis on SDS-leht
3. Mis on Western Blot
4. Kõrvuti võrdlus - SDS-leht vs Western Blot
5. Kokkuvõte

Mis on SDS-leht?

SDS Page on geelelektroforeesi tehnika, mida kasutatakse valkude eraldamiseks. Seda kasutatakse tavaliselt biokeemias, geneetikas, kriminalistikas ja molekulaarbioloogias. Kui valgud on proovist ekstraheeritud, töödeldakse neid SDS-ist ja polüakrüülamiidist koosneval geelil. SDS on anioonne detergent, mida kasutatakse valkude (denatureeritavate valkude) lineariseerimiseks ja lineariseeritud valkude negatiivse laengu andmiseks proportsionaalselt nende molekulmassiga. Polüakrüülamiidist saab geeli kindel alus. Denatureeritud valgud, mis on negatiivselt laetud, rändavad läbi geeli aparaadi positiivse otsa poole. Valkude suuruse järgi erinevad valkude rändekiirused ja toimub eraldumine. Seetõttu on SDS-leht kasulik üksikute valkude eraldamiseks nende suuruse alusel.

Polüakrüülamiidgeeli valmistamine valkude fraktsioneerimiseks on SDS-i oluline samm. Polüakrüülamiidi õige kontsentratsioon ja kasutatud ristsiduva aine tüüp mõjutavad tugevalt geeli füüsikalisi omadusi, mis muudab erinevate valkude tegeliku eraldamise. Geeli pooride suurusi tuleks efektiivseks eraldamiseks korralikult hallata. SDS-lehte peetakse aga kõrge eraldusvõimega valkude eraldamise meetodiks.

SDS-lehe tehnikal on valguanalüüsis suur piirang. Kuna SDS denatureerib valke enne eraldamist, ei võimalda see tuvastada ensümaatilist aktiivsust, valkudega seondumise interaktsioone, valgu kofaktoreid jne..

Joonis 01: SDS-leht

Mis on Western Blot?

Western blot meetod võimaldab tuvastada valgu segust konkreetset valku ning mõõta valgu kogust ja molekulmassi. Western blot on membraan, mida kasutatakse blotimisprotseduuri ajal SDS-polüakrüülamiidi geeli valgumustrite peegelpildi saamiseks. Western blotiks kasutatav membraan koosneb enamasti nitrotselluloosist või polüvinülideendifluoriidist (PVDF). Ülekantud valguga membraani saab kasutada soovitud valgu tuvastamiseks. Soovitud valgu tuvastamiseks hübridisatsiooni teel on vaja kvaliteetset antikeha. Antikeha seostub oma spetsiifilise antigeeniga ja paljastab soovitud antigeeni, mis on valk.

Valkude ülekandmine SDS polüakrüülamiidi geelilt Western blotti viiakse läbi elektroblotimise abil. See on tõhus ja kiire meetod, mis põhjustab valkude elektroforeesi geelist ja viimist nitrotselluloosmembraanile (Western blot).

Joonis 02: Western blot

Mis vahe on SDS-lehel ja Western Blotil??

SDS-leht vs Western Blot
SDS Page on geelelektroforeesi tehnika.	Western blot on meetod, mida teostatakse membraanil konkreetse valgu tuvastamiseks segust.
Kasutage
SDS-i leht võimaldab valkude eraldamist vastavalt nende suurusele.	Western blot võimaldab valkude ülekandmist SDS-i lehegeelil ilma selle mustrit muutmata ja võimaldab hübridiseerumist spetsiifiliste antikehadega.
Puudused
Selle tehnika miinusteks on valkude denaturatsioon, kõrge hind ja neurotoksiinide kemikaalide olemasolu.	See tehnika on aeganõudev ja nõuab häid kogenud isiklikke ja konkreetseid kontrollitud tingimusi.

Kokkuvõte - SDS-leht vs Western Blot

SDS leht ja Western blot on kaks valguanalüüsi meetodit. SDS-leht võimaldab valkude hõlpsat eraldamist geelil vastavalt nende molekulmassile. Western blot aitab kindla valgu olemasolu ja kogust kinnitada hübridiseerimise teel spetsiifiliste antikehadega. See on erinevus SDS-i lehe ja Western bloti vahel.

Viited:
1. Blancher, C. ja A. Jones. “SDS-LEHEKÜLG ja Western blot -meetodid.” Meetodid molekulaarmeditsiinis. USA Riiklik Meditsiiniraamatukogu, n.d. Võrk. 27. märts 2017
2. Nowakowski, Andrew B., William J. Wobig ja David H. Petering. “Native SDS-PAGE: valkude suure eraldusvõimega elektroforeetiline eraldamine, mille looduslikud omadused säilitavad ka metalli sidunud metalliioonid.” Metallomics: integreeritud biometal Science. USA Riiklik Meditsiiniraamatukogu, mai 2014. Veeb. 27. märts 2017.

Pilt viisakalt:
1. “SDS-PAGE elektroforees” autor Bensaccount inglise Vikipeedias (CC BY 3.0) Commonsi Wikimedia kaudu
2. “Western blot 114A” autor Amanthabagdon - Omad tööd (avalik omand) Commons Wikimedia kaudu