Erinevus SDS-i lehe ja omalehe vahel

Peamine erinevus - SDS-i leht vs natiivne Leht
 

SDS ja emakeelne leht on kahte tüüpi polüakrüülamiidi geelelektroforeesi tehnikaid, mida kasutatakse molekulaarbioloogias. võtme erinevus SDS-lehe ja natiivse lehe vahel on kasutatud polüakrüülamiidgeeli tüüp. SDS-lehel kasutatakse denatureerivat geeli, seetõttu eraldatakse molekulid nende molekulmassi põhjal. Native Page-s aga kasutatakse mittedenatureerivaid geele. Seetõttu eraldatakse molekulid nende suuruse, laengu ja kuju alusel.

Polüakrüülamiidi geelelektroforees (lehekülg) kasutab geeli, mis on valmistatud akrüülamiidi monomeeride polümeriseerimisel metüleenbisakrüülamiidiga. Polüakrüülamiid on karmim ja soojuskindlam kui agaroos. Polüakrüülamiidi geelidel on väiksem pooride suurus, mis võimaldab valkude tõhusat eraldamist. Lehe seadistusi on kahte tüüpi: nimelt SDS-leht ja emakeel. SDS-i leht või Naatrium-dodetsüülsulfaadi polüakrüülamiidi geelelektroforees eraldab valgud nende molekulmassi alusel. Denatureerivaid geele kasutatakse SDS-lehel. Native Page kasutab mittedenatureerivaid geele ja eraldab valke nende suuruse, laengu ja kuju järgi (3D-konformatsioon).

SISU

1. Ülevaade ja peamised erinevused
2. Mis on SDS-leht
3. Mis on emakeelne leht
4. Sarnasused SDS-i lehe ja omalehe vahel
5. Kõrvuti võrdlus - SDS-leht vs algne leht tabelina
6. Kokkuvõte

Mis on SDS-leht?

SDS-leht on kõige tavalisem elektroforeetiline meetod, mida kasutatakse valkude eraldamiseks nende molekulmassi alusel. Geeli valmistamiseks lisatakse pesuaineks SDS (naatriumdodetsüülsulfaat). SDS hambaproteesib valke monomeerideks. SDS on anioonne puhastusvahend. Seetõttu lisab see valkudele laias pH vahemikus negatiivse netolaengu. Kui valgu molekulidele antakse negatiivne netolaeng, laengute varieerumise tõttu lagunevad keerulised struktuurid. Negatiivse laengu tõttu tõmbuvad valgud positiivse otsa poole. Seega liiguvad madalama molekulmassiga molekulid geelmaatriksil kiiremini ja neid saab jälgida anoodi lähedal, samas kui suurema molekulmassiga valke täheldatakse süvendite lähemal.

Joonis 01: SDS-leht

SDS-i seondumine polüpeptiidahelaga on proportsionaalne selle suhtelise molekulmassiga. Seetõttu saab molekulmassi määrata ka SDS-i abil. SDS Page geelide värvimine toimub bromofenoolsinise värvimisega. SDS-lehe rakendused ulatuvad laiemalt, kui seda saab kasutada suhtelise molekulmassi hindamiseks ja valkude segu valkude suhtelise arvukuse määramiseks. SDS-lehte saab kasutada ka valkude jaotuse määramiseks valkude segus. SDS-lehte kasutatakse ka valkude puhastamiseks ja hindamiseks. Seda kasutatakse esialgse protseduurina Western blottides ja hübridiseerimises, mida kasutatakse omakorda valkude kaardistamiseks ja identifitseerimiseks.

Mis on emakeelne leht?

Natiivse polüakrüülamiidi geelelektroforeesil (Native Page) kasutatakse mittedenatureerivat geeli. Seetõttu ei lisata geeli maatriksisse SDS-i ega muid denatureerivaid aineid. Native Page-i puhul põhineb valkude eraldamine valgu laengul ja suurusel. Seetõttu sõltub valgu liikuvus laengust ja valgu suurusest.

Valgu laeng sõltub aminohapete kõrvalahelatest. Kui külgahelad on negatiivselt laetud, saab valk üldise negatiivse laengu ja vastupidi. Valgud säilitavad toimuva voltimise tõttu 3D-konformatsiooni. Kokkupandamine tuleneb valkude erinevat tüüpi sidemetest, näiteks disulfiidsidemed, hüdrofoobsed interaktsioonid ja vesiniksidemed. Seega, kui looduslikku lehte kantakse neutraalsel pH-l, eraldatakse valgud vastavalt valgu molekulaarsele kujule. Seetõttu saab Native Page-i kasutada tundliku tehnikana valgu laengu või konformatsiooni muutuse tuvastamiseks.

Natiivse lehe peamine eelis on see, et leheanalüüsiks kasutatud valku saab pärast leheanalüüsi taastada algses olekus, kuna valk ei ole protsessi ajal häiritud. Native Page on suhteliselt kõrge läbilaskevõimega tehnika ja valgu stabiilsus on suurenenud.

Joonis 02: algne leht

Pärast geeli käitamise lõppu saab Native Page geeli vaadata bromofenoolsinise või mõne muu sobiva värvimisreaktiiviga värvimise teel. Native Page rakendused hõlmavad happeliste valkude, sealhulgas glükoproteiinide, nagu inimese rekombinantne erütropoetiin, eraldamist või veise seerumi albumiinis (BSA) esinevate valkude identifitseerimist.

Millised on SDS-i lehe ja omalehe sarnasused?

• Nii SDS Page kui ka Native Page süsteemis kasutatakse geeli maatriksina polüakrüülamiidgeeli.
• Mõlemat kasutatakse valkude eraldamiseks ja identifitseerimiseks.
• Mõlemad kasutavad ühendite eraldamiseks elektroforeetilist liikuvust.
• Mõlemat saab teha vertikaalselt või horisontaalselt (enamasti vertikaalse lehe seadistusena, kuna töö pikkus on pikem).
• Elektroforeesiaparaat koos geelipaagiga kammib, mõlema tehnika kasutamiseks on vajalik toiteallikas.
• Geeli visualiseerimiseks võib kasutada värvimismeetodeid mõlemas meetodis.

Mis vahe on SDS-i lehel ja pärislehel?

SDS-i leht vs omaleht
SDS-leht või naatrium-dodetsüülsulfaadileht eraldab valke nende molekulmassi põhjal ja selles kasutatakse denatureerivat geeli.	Native Page kasutab mittedenatureerivaid geele ja eraldab valke nende suuruse, laengu ja kuju järgi (3D-konformatsioon).
Geeli tüüp
SDS-lehel kasutatakse denatureerivat geeli.	Alglehel kasutatakse mittedenatureerivat geeli.
Ohutuskaardi olemasolu
SDS on pesuainena, et tekitada SDS-lehel proovile negatiivne laeng.	SDS-i oma lehel pole.
Eraldamise alus
Valkude eraldamine sõltub valgu molekulmassist SDS lehel.	Eraldamine sõltub valgu molekuli suurusest ja kujust emakeelehel.
Valgu stabiilsus
SDS-i lehel on valgu stabiilsus madal.	Valgu stabiilsus on lehel kõrge.
Algse valgu taastamine
Pole võimalik, kuna see on SDS-i lehel denatureeritud.	Võimalik oma lehel.

Kokkuvõte - SDS-leht vs emakeel Leht

SDS-leht ja Native-leht on kahte tüüpi polüakrüülamiidi geelelektroforeesi tehnikad, mida kasutatakse valkude eraldamiseks. SDS-lehte töödeldakse pesuainega, mille nimi on SDS. SDS annab valgule üldise negatiivse laengu, mille tulemuseks on valgu denatureerimine. Seetõttu eraldatakse valgud nende molekulmassi põhjal. Native Page -tehnikas seevastu ei kasutata ühtegi denatureerivat ainet. Seega valgud kas eraldatakse vastavalt nende suurusele või kujule. See erinevus on SDS-i lehe ja pärislehe vahel.

Viide:

1. “Polüakrüülamiidi geelelektroforeesi põhimõte ja meetod (SDS-PAGE).” Polüakrüülamiidi geelelektroforeesi põhimõte ja meetod (SDS-PAGE) MBL Life Sience -ASIA-. Saadaval siin
2. “Natiivsed geelid”. Alliansi valgulaborid | Biofüüsikalise iseloomustamise teenused. Saadaval siin  

Pilt viisakalt:

1.'SDS-PAGE elektroforees "Bensaccount inglise Vikipeedias (CC BY 3.0) Commonsi Wikimedia kaudu  
2. Laadige proov polüakrüülamiidi geelelektroforeesi kaevu. Blaz Nemec (Ljubljana, Sloveenia) (CC BY-SA 2.0) edastab Commons Wikimedia