Erinevus shRNA ja siRNA vahel

shRNA vs siRNA

RNA interferentsi (RNAi) protsessi käigus koputatakse sihtgeeni ekspressioon kõrge spetsiifilisuse ja selektiivsusega maha. RNAi on looduslik protsess ja see hõlmab väikseid segavaid RNA (siRNA) ja lühikese juuksenõelaga RNA (shRNA) ning biofunktsionaalset shRNA. Praegu kasutatakse RNAi laialdaselt isikustatud vähiteraapia vahendina. RNAi rakendatakse põhimõtteliselt keemiliselt sünteesitud kaheahelaliste siRNA ja vektoripõhiste shRNA molekulidega. Kuigi neil kahel molekulil on sarnased funktsionaalsed tulemused, erinevad nad oma struktuuris; seega erinevad ka nende kahe molekuli toime molekulaarsed toimemehhanismid, RNA rajad ja sihtmärgiväline toime.

shRNA

shRNA on väikese RNA molekuli jada, mis teeb tiheda juuksenõela, mida saab kasutada sihtgeeni ekspressiooni vaigistamiseks RNAi ajal. ShRNA ekspressioon saavutatakse vektori abil, mis võib olla kas viirus või bakter või plasmiidide kohaletoimetamise teel. Need sünteesitakse rakkude tuumas ja transporditakse tsütoplasmasse edasisteks protsessideks. Nendel molekulidel on miRNA sarnased küpsemisteed; seega on miRNA süntees andnud aluse shRNA sünteesi mõistmiseks. Nii RNA polümeraas II kui ka III võivad transkribeerida shRNA RNA polümeraasi II või III promootorite kaudu. ShRNA-de kasutamise eeliseks on see, et nende lagunemisaste ja käive on suhteliselt madal. Puuduseks on see, et see vajab ekspressioonivektorit, mis võib põhjustada mõningaid ohutusprobleeme.

siRNA

siRNA-d on kaheahelalised RNA-molekulid, mis koosnevad 20-25 aluspaarist. Neid kasutatakse geeni supressiooniks, vaigistades mis tahes RNAi raja komplementaarse nukleotiidijärjestusega geeni. SiRNA transfekteerimisega geenide hävitamine on mööduva mõju tõttu sageli ebaõnnestunud; eriti kiiresti jagunevates rakkudes ja mahasurumine ei kesta kauem. Selle probleemi lahendamiseks modifitseeritakse siRNA-d lühikese juuksenõelaga struktuuri lisamisega. See modifitseeritud molekul siis tuntud kui shRNA. shRNA tuleks dicer-i abil siRNA-ks teisendada, et jätkata selle normaalset funktsiooni.

Mis vahe on shRNA ja siRNA vahel??

• Erinevalt siRNA-st on shRNA-l ekstra juuksenõela struktuur. shRNA on siRNA modifitseeritud versioon.

• shRNA nõuab ekspressioonivektorit, siRNA aga mitte.

• shRNA-d saab kasutada pikaajaliseks genoomimiseks, siRNA-d aga ainult geenide lühiajaliseks mahasurumiseks.

• Erinevalt siRNA geeni supressioonist on shRNA allasurumine pikaajaline ja kui see sisestatakse sobiva viirusvektori kaudu, võib see põhjustada püsivat geeni vaigistavat toimet.

• ShRNA teisendamiseks siRNA molekuliks normaalsete funktsioonide täitmiseks on vajalik dicer.