Erinevus virnastava geeli ja eraldava geeli vahel

Peamine erinevus - geeli virnastamine vs eraldamine Geel
 

SDS-PAGE tehnika selgitamiseks kasutatakse termineid virnastav geel ja eraldusgeel. SDS-PAGE või naatriumdodetsüülsulfaat-polüakrüülamiidi geelelektroforees on laboratoorne tehnika, mida kasutatakse valgu molekulide eraldamiseks nende molekulmassi alusel. Selle tehnika teooria seisneb selles, et erineva molekulmassiga valkudel on erinev migratsioonikiirus; madala molekulmassiga molekulid rändavad kiiremini, samas kui suure molekulmassiga molekulid rändavad aeglaselt. Rändekeskkond on geel. On kahte tüüpi geele, mida nimetatakse virnastavaks ja eraldavaks geeliks. võtme erinevus virnastamise ja eraldava geeli vahel on see virnastava geeli pH on 6,8, samas kui eraldava geeli pH on 8,8.

SISU

1. Ülevaade ja peamised erinevused
2. Mis on virnastav geel
3. Mis on eraldav geel
4. Suhe virnastava geeli ja eraldava geeli vahel
5. Kõrvuti võrdlus - geeli virnastamine vs eraldav geel tabelina
6. Kokkuvõte

Mis on virnastav geel?

Virnastav geel on madala kontsentratsiooniga polüakrüülamiidgeel, mis asetatakse SDS-PAGE meetodil kontsentreerituma lahutusgeeli (eraldusgeeli) peale. Virnastamisgeeli kasutatakse elektroforeesi eraldusvõime parandamiseks. Eraldusvõime suureneb, kuna virnastava geeli ja lahustuva geeli kontsentratsioonid erinevad proovis olevatele valkudele. Kuna polüakrüülamiidi kontsentratsioon virnastamisgeelis on madal, on pooride suurus suurem. See aitab ka eraldatust suurendada.

Virnastav geel on lahtine polüakrüülamiidgeel, mille suurte pooridega on umbes 7% polüakrüülamiidi. Need poorid ei toimi suurte proteiinimolekulide jaoks märkimisväärselt. Seega mõjutab see geel nende valkude liikuvust pisut. See teeb eraldamise vastavalt valgu liikuvusele ja suurusele, kontsentreerides need kahe geeli vahele.

Joonis 01: SDS-PAGE akrüülamiidi geel

Virnastava geeli pH on 6,8. Selle pH on happeline kui geeli lahutamisel 2 pH ühiku võrra. See pH tähendab madalamat ioontugevust, seega suuremat elektritakistust. See kutsub esile valkude liikuvuse kui teised geelis sisalduvad laetud osakesed.

Mis on eraldav geel?

SDS-PAGE-tehnika eraldav geel või lahutav geel on kõrge kontsentratsiooniga polüakrüülamiidgeel, mis asetatakse madala kontsentratsiooniga virnastamisgeeli peale. Eraldusgeel sisaldab suures koguses polüakrüülamiidi (10%). Selle geeli pH hoitakse tasemel pH = 8,8, mis on kõrgem pH tase kui virnastamisgeelil.

Joonis 02: Geelelektroforeesi seade

Kui valgumolekulid jõuavad eraldusgeelini, aeglustub nende molekulide migratsioon, kuna eraldusgeel on väikese kontsentratsiooniga väikese kontsentratsiooniga kõrge kontsentratsiooniga geel, mis võib olla märkimisväärne tõke proteiinimolekulide liikumisel. See aeglustus võimaldab teistel valkudel aeglaselt rännata, saades tulemuseks kitsa, kontsentreeritud riba kahe geeli vahel.

Milline on suhe geeli virnastamise ja eraldava geeli vahel?

• Sama aparaadis kasutatakse nii virnastamisgeeli kui ka eraldusgeeli.

Mis vahe on virnastamisgeelil ja eraldusgeelil??

Virnastav geel vs eraldav geel
Virnastav geel on madala kontsentratsiooniga polüakrüülamiidgeel, mis asetatakse SDS-PAGE meetodil kontsentreerituma lahutusgeeli (eraldusgeeli) peale.	SDS-PAGE meetodi eraldav geel või lahutav geel on kõrge kontsentratsiooniga polüakrüülamiidgeel, mis asetatakse madala kontsentratsiooniga virnastamisgeeli peale.
Paigutamine
Virnastav geel asetatakse eraldusgeelile (eraldusgeelile).	Geeli elektroforeesiks kasutatava anuma põhja pannakse eraldav geel.
Kontsentratsioon
Virnastamisgeeli kontsentratsioon on kõrge.	Eraldusgeeli kontsentratsioon on madal.
Polüakrüülamiidi sisaldus
Virnastamisgeel sisaldab umbes 7% polüakrüülamiidi.	Eraldusgeel sisaldab umbes 10% polüakrüülamiidi.
pH
Virnastava geeli pH on 6,8.	Eraldava geeli pH on 8,8.
Poori suurus
Virnastamisgeelis on suured pooride suurused.	Eraldusgeelis on väikesed poorisuurused.
Resolutsioon
Virnastav geel annab parema eraldusvõime.	Eraldav geel annab halva eraldusvõime.

Kokkuvõte - Geeli virnastamine vs eraldamine Geel

Virnastav geel ja eraldusgeel on kahte tüüpi polüakrüülamiidgeele, mida kasutatakse valgu molekulide paremaks eraldamiseks antud proovis. Virnastamisgeeli ja eraldusgeeli erinevus seisneb selles, et virnastava geeli pH on 6,8, samas kui eraldusgeeli pH on 8,8.

Viide:

1. “Polüakrüülamiidi geelelektroforees.” Polüakrüülamiidi geelelektroforees (teooria): molekulaarbioloogia virtuaalne labor II: biotehnoloogia ja biomeditsiinitehnika: Amrita Vishwa Vidyapeetham Virtual Lab. Saadaval siin  
2. Kuidas töötab SDS-PAGE. Bitesize Bio, 16. veebruar 2018. Saadaval siin
3. “SDS-PAGE virnastamisgeel - BICH 608 (Polymenis-Pettigrew).” Google Sites. Saadaval siin 

Pilt viisakalt:

1.'SDS-PAGE akrüülamiidgeel'Bysaccount inglise Vikipeedias (CC BY 3.0) Commonsi Wikimedia kaudu  
2. Geelelektroforeesi aparaat - autor Jeffrey M. Vinocur - Oma töö, (CC-BY 2.5) Commonsi Wikimedia kaudu