Erinevus SYBR Greeni ja Taqmani vahel

Peamine erinevus - SYBR roheline vs Taqman
 

SYBR Green ja Taqman on kaks meetodit reaalajas PCR amplifikatsiooni tuvastamiseks või jälgimiseks. SYBR Green on meetod, mis põhineb nukleiinhapete värvaine segamisel, Taqman aga hüdrolüüsisondil. Mõlemad tehnoloogiad on loodud fluorestsentsi tekitamiseks PCR-i ajal, mis võimaldab reaalajas PCR-seadmel jälgida reaktsiooni reaalajas. SYBR Greeni meetodil kasutatakse fluorestsentsvärvi, mida nimetatakse SYBR greeniks, ja see tuvastab amplifikatsiooni, sidudes värvaine toodetud kaheahelalise DNA-ga. Taqman viiakse läbi kahe märgisega sondide abil ja tuvastab amplifikatsiooni sondi lagundamise teel Taq polümeraasi poolt ja fluorofoori eraldumist. See on peamine erinevus SYBR Greeni ja Taqmani vahel.

SISU
1. Ülevaade ja peamised erinevused
2. Mis on SYBR roheline
3. Mis on Taqman
4. Kõrvuti võrdlus - SYBR Green vs Taqman
5. Kokkuvõte

Mis on SYBR Green?

SYBR roheline on fluorestsentsvärv, mida kasutatakse nukleiinhapete, eriti kaheahelalise DNA värvimiseks molekulaarbioloogias. SYBR Greeni meetodit kasutatakse PCR-produktide kvantifitseerimiseks reaalajas PCR-i ajal. Pärast DNA-ga seondumist neelab saadud DNA-värvikompleks sinist valgust ja kiirgab intensiivset rohelist valgust. See juhtub struktuurimuutuse tõttu, mis toimub värvaine molekulis kaheahelalise DNA-ga seondumisel. Kui PCR loob üha rohkem DNA-d, seostub DNAga rohkem värvaine molekule, tekitades rohkem fluorestsentsi. Seetõttu suureneb fluorestsents PCR-i produkti akumuleerumisega. Seega saab PCR produkti kogust kvantitatiivselt mõõta SYBR rohelise fluorestsentsi tuvastamisega.

SYBR-i rohelist värvainet saab kasutada ka DNA märgistamiseks tsütomeetrias ja fluorestsentsmikroskoopias. Etiidiumbromiid on edukalt asendatud SYBR Greeniga, kuna etiidiumbromiid on kantserogeenne värvaine, mille geel-elektroforeesil DNA visualiseerimisel ilmnevad hävitamisprobleemid..

SYBR-i rohelisel meetodil on plussid ja miinused. See meetod on väga tundlik, odav ja hõlpsasti kasutatav. Kuid kuna võime seostuda kaheahelalise DNA-ga, võib mittespetsiifiline seondumine põhjustada PCR-i produkti ülekvantifitseerimist.

Joonis 01: SYBR roheline tehnika

Mis on Taqman?

Taqman on SYBR Greeni jaoks alternatiivne meetod reaalajas PCR-i protsessi jälgimiseks. See meetod sõltub Taq polümeraasi ensüümi 5 '- 3' eksonukleaasiaktiivsusest sondide lagundamisel uue ahela pikendamise ja fluorofoori vabanemise ajal. Selles meetodis kasutatakse topeltmärgistatud sondid ja see põhineb sondide hüdrolüüsil. Sondid on fluorestsentsmärgistatud DNA oligonukleotiidid, mille 5'-otsas on fluorestsentsreporteri molekul (fluorofoor) ja 3'-otsas kustutajamolekul. Need on mõeldud seondumiseks üheahelaliste matriitsidega praimeri lõõmutamise vastasküljel. Taq polümeraas lisab praimerile nukleotiidid ja pikendab uut ahelat kahe märgisega sondide suunas. Kui Taq polümeraas kohtub sondiga, aktiveerib ja lagundab Taq polümeraasi eksonukleaasi toime sondi. Kui see on uue ahela sünteesi lõpule viinud, degradeeritakse sond täielikult ja vabastatakse fluorofoor. Fluorofori vabanemine tekitab fluorestsentsi. Fluorestsents-kustutaja molekul summutab efektiivselt kiirgava valguse ja loob väljundi PCR-i produkti kvantitatiivseks määramiseks. Fluorofooride eraldumine ja PCR-saaduste kogus on proportsionaalsed. Seega saab kvantifitseerimist hõlpsalt teha Taqmani meetodil.

Joonis 02: Taqmani meetod

Taqmani meetodit kasutatakse reaalajas PCR-is, geeniekspressiooni kvantifitseerimisel, geneetiliste polümorfismide tuvastamisel, kromosomaalse DNA deletsioonide kvantifitseerimisel, bakterite tuvastamisel, mikrotiivanalüüsi kontrollimisel, SNP genotüpiseerimisel jne..

Mis vahe on SYBR rohelisel ja Taqmanil?

SYBR Roheline vs Taqman
SYBR Green põhineb DNA-d siduval värvainel.	Taqman sõltub hübridisatsioonisondidest ja Taq polümeraasi 5 'kuni 3' eksonukleaasi aktiivsusest.
Fluorestsentsmärgisega sondid
Fluorestsentsmärgisega sondid pole vajalikud.	Vajalikud on kahe märgisega sondid.
Mitmekordne geenianalüüs
Seda ei saa kasutada multiplekssete geenide sihtmärkide jaoks.	Seda saab kasutada multiplekssete geenide sihtmärkide jaoks.
Maksumus
See on odavam.	See on kallim.
Spetsiifilisus
See on vähem spetsiifiline ja seostub mis tahes kaheahelalise DNA-ga	Need on väga spetsiifilised, kuna sondid tuvastavad spetsiifilised amplifikatsiooniproduktid.
Tõhusus
See on vähem tõhus.	See on väga tõhus.
Rakendus
Seda kasutatakse reaalajas PCR-is, agaroosgeeli visualiseerimisel, DNA märgistamisel jne.	Seda kasutatakse reaalajas PCR - is, geeniekspressiooni kvantifitseerimisel, geneetiliste polümorfismide tuvastamisel jne.

Kokkuvõte - SYBR Green ja Taqman

Taqman ja SYBR green on kaks meetodit, mida kasutatakse reaalajas PCR (kvantitatiivne PCR). Mõlemad meetodid võimaldavad PCR-produkti efektiivselt kvantifitseerida ja sõltuvad fluorestsentsi emissioonist. Taqmani meetodil kasutatakse akumuleerunud DNA tuvastamiseks topeltmärgistatud sondid, SYBR Greeni meetodil aga fluorestsentsvärvi. Mõlemal meetodil on ka molekulaarbioloogias erinevad rakendused.

Viide:
1. Tajadini, Mohamad Hasan, Mojtaba Panjehpour ja Shaghayegh Haghjooy Javanmard. "SYBR Greeni ja TaqMani meetodite võrdlus nelja adenosiini retseptori alamtüübi kvantitatiivses reaalajas polümeraasi ahelreaktsiooni analüüsis." Laiendatud biomeditsiinilised uuringud. Medknow Publications & Media Pvt Ltd, 2014. Veeb. 13. märts 2017.
2. „Reaalajas PCR-põhiprintsiibid”. Reaalajas PCR, kvantitatiivne (qPCR), praimerid ja Mastermix: Primerdesign Ltd. N.p., n.d. Võrk. 13. märts 2017.
3. SYBR rohelised ja muud reaalajas PCR-värvid. Biovõrdlus. N. p., 5. aprill 2010. Veeb. 14. märts 2017

Pilt viisakalt:
1. “PCR SYBR-i rohelisega”. Autor: -Ygonaar 23:09, 7. märts 2006 (UTC) - see on Ygonaari loodud graafik Powerpointiga, CC BY-SA 3.0, https://commons.wikimedia.org/w/ index.php? curid = 619528
2. Kasutaja „Taqman”: Braindamaged - Commons Wikimedia kaudu oma teos (avalik omand)