Erinevus VNTR ja STR vahel

Peamine erinevus - VNTR vs STR

DNA-uuringutest on tohutult kasu fülogeneetiliste seoste mõistmisel ja määramisel, geneetiliste haiguste diagnoosimisel ja organismi genoomide kaardistamisel. Konkreetse geeni või DNA järjestuse tuvastamiseks tundmatu DNA kogumis kasutatakse mitmeid DNA-analüüsiga seotud tehnikaid. Neid tuntakse kui geneetilisi markereid. Geneetilisi markereid kasutatakse molekulaarbioloogias isendite ja liikide vahelise geneetilise variatsiooni tuvastamiseks. Varieeruva arvu tandemkordamine (VNTR) ja lühike tandemkordamine (STR) on kahte tüüpi geneetilised markerid, mis näitavad üksikisikute seas polümorfismi. Mõlemad tüübid on mittekodeerivad korduvad DNA-d, mis on samaaegselt kordused. Need on paigutatud kromosoomides pea-saba moodi. VNTR on genoomi sektsioon, kus lühikest nukleotiidijärjestust korratakse mitu korda. STR on genoomis olev teine DNA sektsioon, mis on korraldatud korduvate üksustena, mis koosnevad sajast kahest kuni kolmeteistkümnest nukleotiidist. Peamine erinevus VNTR ja STR vahel on nukleotiidide arv korduvas järjestuses. VNTR korduvad ühikud koosnevad 10 kuni 100 nukleotiidist, samas kui STR korduvad ühikud moodustavad 2 kuni 13 nukleotiidi. VNTR ja STR kasutatakse kohtuekspertiisi uuringutes laialdaselt.

SISU

1. Ülevaade ja peamised erinevused
2. Mis on VNTR
3. Mis on STR
4. VNTRi ja STRi sarnasused
5. Võrdlus kõrvuti - VNTR vs STR tabelina
6. Kokkuvõte

Mis on VNTR?

Tandemkordus on lühike DNA jada, mida korratakse pea-saba moodustumisel konkreetses kromosomaalses lookuses. Tandemi korduses pole ühtegi teist järjestust ega nukleotiidi. Genoomis on mitut tüüpi tandemikordusi. VNTR on nende hulgas teatud tüüpi tandem-kordus, millel on korduvad üksused, mis koosnevad 10 kuni 100 nukleotiidist. VNTR on minisatelliidi tüüp. Neid tandem-kordusi võib leida paljudest kromosoomidest. Need paiknevad inimese genoomis ja asuvad peamiselt kromosoomide subtelomeersetes piirkondades.

VNTR-id näitavad, et üksikisikute seas kordub polümorfism tandemina. VNTR pikkus kromosoomi konkreetses asukohas on indiviidide vahel väga erinev, kuna selles DNA sektsioonis on korduvate ühikute arv erinev. Seetõttu saab VNTRi kasutada võimsa vahendina üksikisikute tuvastamisel ja VNTRi analüüsi kasutatakse paljudes valdkondades, sealhulgas geneetika, bioloogia uuringud, kohtuekspertiis ja DNA sõrmejäljed. VNTR-id olid esimesed geneetilised markerid, mida kasutati luuüdi siirdamise kvantifitseerimiseks. VNTR-id olid ka esimesed polümorfsed markerid, mida kasutati kriminalistikas DNA profileerimisel.

Joonis 01: VNTRide varieeruvus kuuel inimesel

VNTR analüüs viiakse läbi restriktsioonifragmentide pikkuse polümorfismi kaudu, millele järgneb lõunapoolne hübridisatsioon. Seega vajab ta suhteliselt suurt DNA-proovi. Probleemne on ka VNTR-i profiili tõlgendamine. Nende piirangute tõttu on VNTRi kasutamine kohtugeneetikas piiratud ja see asendatakse STR-analüüsiga.

Mis on STR?

STR on väga korduv DNA sektsioon, mis koosneb kahest kuni kolmeteistkümnest nukleotiidi korduvast üksusest, mis on korraldatud tandemina. STR sarnaneb VNTR-iga. Kuid see erineb VNTR-st korduvas järjestuses sisalduvate nukleotiidide arvu ja korduste arvu järgi. STR on mikrosatelliidi tüüp.

Korduvate ühikute täpse arvu mõõtmisel osales STR-analüüs. STR-d on indiviidide vahel väga erinevad, sarnaselt VNT-dele. STR-profiilid erinevad inimeselt. Seetõttu kasutatakse molekulaarbioloogias STR-analüüsi kahe või enama proovi DNA spetsiifiliste lookuste võrdlemiseks. Seetõttu peetakse STR-e molekulaarbioloogias võimsateks geneetilisteks markeriteks. See on suurepärane vahend üksikisikute tuvastamiseks nende kõrge polümorfismi ja suhteliselt lühikese pikkuse tõttu.

Praegu on kriminalistikageneetikas kõige sagedamini kasutatav analüüsitud geneetilise polümorfismi tööriist STR. Enamik kohtuekspertiisi juhtumeid hõlmab STR-i polümorfset analüüsi. STR lookused on jaotunud kogu genoomis. Kromosoomides on tuhandeid STR-sid, mida saab kasutada kohtuekspertiisi analüüsimisel. STR-analüüs ei hõlma restriktsiooni pikkuse polümorfismi nagu VNTR-analüüs. STR-analüüs ei lõika DNA-d restriktsiooniensüümidega. Spetsiifilisi sonde kasutatakse soovitud piirkondade kinnitamiseks DNA-le ja PCR meetodil määratakse STR pikkused.

Joonis 02: STR erinevus proovide vahel

Millised on VNTRi ja STRi sarnasused??

VNTR ja STR on mittekodeerivad DNAd.
Mõlemad on tandemkordused.
Mõlemad näitavad üksikisikute seas polümorfismi DNA lõigu pikkuse erinevuse tõttu.
Mõlemat kasutatakse võimsate geneetiliste markeritena DNA sõrmejälgede printimisel ja kohtuekspertiisi uuringutes.

Mis vahe on VNTR ja STR vahel??

VNTR vs STR
VNTR on mittekodeeriv korduv DNA, millel on lühike nukleotiidijärjestus, mida korratakse paralleelselt.	STR on väga korduv DNA sektsioon, mis koosneb kahest kuni kolmeteistkümnest nukleotiidi korduvast üksusest, mis on korraldatud tandemina.
Suurus
VNTR-id on suuremad kui STR-id.	STR-d on väiksemad kui VNTR-id.
Nukleotiidide arv korduvas järjestuses
VNTR korduv üksus koosneb 10 kuni 100 nukleotiidist.	STR korduv üksus koosneb 2 kuni 13 nukleotiidist.

Kokkuvõte - VNTR vs STR

VNTR ja STR on kaks võimsat geneetilist markerit, mida kasutatakse molekulaarbioloogias, eriti kohtuekspertiisi geneetika valdkonnas. VNTR on minisatelliidi tüüp ja STR on mikrosatelliit. VNTR ja STR on mittekodeerivad, väga korduvad DNAd. Need on tandemkordused. VNTR ja STR üldine struktuur on samad. Kuid nukleotiidide arv korduvas järjestuses ja pikkus on erinevad. VNTR sisaldab korduvaid järjestusi, mis koosnevad 10 kuni 100 nukleotiidist. STR sisaldab korduvaid järjestusi, mis koosnevad 2 kuni 13 nukleotiidist. See on erinevus VNTRi ja STRi vahel.

Laadige alla VNTR vs STR-i PDF-versioon

Selle artikli PDF-versiooni saate alla laadida ja seda võrguühenduseta otstarbel kasutada tsitaatide märkuste kohaselt. Laadige alla PDF-versioon siit. Erinevus VNTRi ja STRi vahel.

Viited:

1. „Kriminalistikageneetika teadus“. CRG - vastutustundliku geneetika nõukogu. N.p., n.d. Võrk. Saadaval siin. 10. juuli 2017.
2. “STR analüüs”. Vikipeedia. Wikimedia Foundation, 22. märts 2017. Veeb. Saadaval siin. 10. juuli 2017.

Pilt viisakalt:

1. PaleWhaleGail “D1S80Demo” inglise Vikipeedias (CC BY-SA 3.0) Commonsi Wikimedia kaudu

Teadus ja loodus