Erinevus AFLP ja RFLP vahel

Peamine erinevus - AFLP vs RFLP
 

DNA-uuringutel on fülogeneetiliste seoste mõistmisel ja määramisel, geneetiliste haiguste diagnoosimisel ja organismi genoomide kaardistamisel tohutu tähtsus. Konkreetse geeni või DNA järjestuse tuvastamiseks tundmatu DNA kogumis kasutatakse ka mitmeid DNA analüüsiga seotud tehnikaid. Neid nimetatakse molekulaarseteks markeriteks. Võimendatud fragmendi pikkuse polümorfism (AFLP) ja Piirangufragmendi pikkus Polümorfism (RFLP) on kaks sellist molekulaarset markerit (meetodit), mis on välja töötatud molekulaarbioloogias organismide vahelise geneetilise variatsiooni tuvastamiseks. Mõlemad meetodid on võrdselt olulised ning neil on eeliseid ja puudusi. Põhiline erinevus AFLP ja RFLP vahel on see AFLP hõlmab lagundatud DNA selektiivset PCR-i amplifikatsiooni, RFLP ei hõlma DNA-fragmentide selektiivset PCR-i amplifikatsiooni.

SISU
1. Ülevaade ja peamised erinevused
2. Mis on AFLP?
3. Mis on RFLP?
4. Kõrvuti võrdlus - AFLP vs RFLP
5. Kokkuvõte

Mis on AFLP??

AFLP (amplifitseeritud fragmendi pikkuse polümorfism) on oluline vahend molekulaarbioloogias ja seda kasutatakse laialdaselt geneetilise variatsiooni analüüsis. AFLP põhineb fragmenteeritud genoomse DNA spetsiifilisel PCR-amplifikatsioonil ja polümorfismi tuvastamisel autoradiograafide abil geelelektroforeesi abil. AFLP aitab laialdaselt kaasa erinevate kuningriikide tüvede või lähedaste liikide, sealhulgas taimede, loomade, bakterite ja seente geneetiliste erinevuste tuvastamisele. AFLP võib läbi viia väikestes kogustes tundmatute DNA proovidega. See ei nõua eelnevat järjestuse tundmist ja sondide kujundamist.

AFLP sammud

1. DNA eraldamine
2. DNA lagundamine restriktsiooni endonukleaasidega
3. Piiratud DNA fragmentide ligeerimine adapteritega
4. Fragmentide selektiivne amplifikatsioon spetsiifiliste restriktsioonisaitidega
5. PCR produktide eraldamine geelelektroforeesil
6. Geelimaatriksi visualiseerimine autoradiograafi abil

AFLP on tundlikum ja reprodutseeritav meetod, mida saab kasutada mitmete taksonite, sealhulgas seente, bakterite, taimede ja loomade DNA profileerimiseks ilma DNA järjestuste eelneva teadmiseta. Tänu ülitundlikule olemusele aitab see tuvastada populatsioonide väikeseid erinevusi populatsioonides. AFLP on oluline ka genoomi kaardistamisel, kohtuekspertiisi uuringutel, vanemate testimisel, genotüüpide määramisel jne.

Joonis 01: AFLP

Mis on RFLP??

Restriktsioonifragmendi pikkuse polümorfismid (RFLP) on tehnika, mida kasutatakse homoloogsete DNA järjestuste geneetiliste variatsioonide tuvastamiseks. See on esimene meetod, mis on välja töötatud DNA profileerimiseks. Organismidel on ainulaadsed DNA sõrmejäljed või DNA-profiilid. RFLP on oluline vahend inimspetsiifiliste või lähedaste organismide DNA profiilide varieerumise analüüsimiseks, kuna homoloogsetel järjestustel on erinevad restriktsioonisaidid (asukohad), mis on konkreetsele organismile omased. Homoloogse DNA lagundamisel spetsiifiliste restriktsiooni endonukleaasidega saadakse erinev DNA profiil, mis on ainulaadne iga inimese jaoks. Seetõttu on selle meetodi peamine eesmärk organismide vahelise geneetilise variatsiooni tuvastamine homoloogse DNA piiramisega spetsiifiliste restriktsiooniensüümidega ja fragmendi pikkuse polümorfismi analüüs geelelektroforeesi ja blotimise teel. Blotimismustrid on iga organismi ainulaadsed ja iseloomustavad konkreetseid genotüüpe.

RFLP sammud

1. Piisava koguse DNA eraldamine proovidest
2. Spetsiifiliste restriktsiooni endonukleaasidega DNA proovide fragmenteerimine lühikeseks järjestuseks
3. Saadud erineva pikkusega fragmentide eraldamine agaroosgeeli elektroforeesil.
4. Geeliprofiili ülekandmine membraanile Southern blot meetodil

5. Membraani hübridiseerimine märgistatud sondidega ja fragmendi pikkuse polümorfismi analüüs igas profiilis

RFLP on väga oluline tehnika haiguse pärimise tuvastamiseks ja haiguse esinemise riski leidmiseks pereliikmete seas. RFLP-d kasutatakse sageli ka genoomi kaardistamisel, kurjategijate tuvastamisel kohtuekspertiisides, isadustestides jne. Samuti on RFLP-l mitmeid piiranguid. RFLP nõuab hübridisatsiooni sondide kavandamiseks eelnevaid teadmisi jadaandmete kohta. See nõuab ka analüüsimiseks piisava koguse DNA eraldamist proovist, mis on kohtuekspertiisi uuringutes keeruline.

Joonis 01: RRFLP kaardistamine

Mis vahe on AFLP ja RFLP vahel??

ALFP vs RFLP
AFLP hõlmab lagundatud DNA selektiivset PCR-amplifikatsiooni.	RFLP ei hõlma PCR-i, välja arvatud juhul, kui see on PCR-RFLP.
Järjestusteadmised
Eelnev jadade tundmine pole vajalik.	Projekteeritud RFLP-sondide jaoks on vaja eelnevat järjestuse tundmist.
Töökindlus
See on usaldusväärsem.	See on AFLP-ga võrreldes vähem usaldusväärne.
Tõhusus polümorfismi tuvastamisel
Sellel on polümorfismi tuvastamisel suurem tõhusus kui RFLP-l.	See on AFLP-ga võrreldes vähem tõhus.
Maksumus
See on RFLP-ga võrreldes pisut kallis.	See on AFLP-ga võrreldes odavam.
Rakendused
AFLP-sid on rakendatud genoomi kaardistamisel, DNA sõrmejälgede võtmisel, geneetilise mitmekesisuse uuringutes, isadustestides ja kriminalistikas	RFLP analüüs on oluline vahend genoomi kaardistamisel, geenide lokaliseerimisel geneetiliste häirete jaoks, haigusriski määramisel ja isaduse testimisel.

Kokkuvõte - AFLP vs RFLP

AFLP ja RFLP on kaks meetodit, mida kasutatakse geneetilise markerina mitmekesisuse hindamiseks ja geneetiliste seoste hindamiseks molekulaarbioloogias. AFLP on tõhus ja tundlik meetod organismide vahelise geneetilise polümorfismi tuvastamiseks kui RFLP. Ehkki mõlemal meetodil on geneetiliste variatsioonide tuvastamisel erinev tõhusus, kasutatakse neid ikkagi DNA sõrmejälgede võtmiseks ja haiguse diagnoosimiseks.

Viide:
'1. Garcia, Antonio A. F., Luciana L. Benchimol, Antônia M. M. Barbosa, Isaias O. Geraldi, Souza Jr. Cláudio L. ja Anete P. De Souza. "RAPD, RFLP, AFLP ja SSR markerite võrdlus mitmekesisuse uuringutes troopilise maisi puhasliinidega." Geneetika ja molekulaarbioloogia. Sociedade Brasileira de Genética, 2004. Veeb. 19. märts 2017
2. “Piirangufragmendi pikkuse polümorfism (RFLP).” Riiklik biotehnoloogiaalane teabekeskus. USA Riiklik Meditsiiniraamatukogu, n.d. Võrk. 19. märts 2017
3. Masiga D. K. ja Turner C. M. (2004). “Võimendatud (restriktsioon) fragmendi pikkuse polümorfismi (AFLP) analüüs”. Meetodid Mol Biol: 270: 173-86. NCBI. Võrk. 19. märts 2017

Pilt viisakalt:
1. “ALFP” Barbarossa poolt Hollandi Vikipeedias - üle kantud nl.wikipediast Commonsis. (Avalik domeen) Commonsi Wikimedia kaudu
2. “RFLP kaardistamine” Retama poolt - Omad tööd (GFDL) Commonsi Wikimedia kaudu