Minevikus, arhaea klassifitseeriti järgmiselt: bakterid ja neid kutsuti arhebakterid. Kuid avastati, et arhaea evolutsiooniline ajalugu ja biokeemia on selgesti eristatavad
Kuni 20. sajandi keskpaigani klassifitseerisid bioloogid kõiki elusaid asju taime või looma hulka. Kuid see süsteem ei suutnud seeni, protiste ja baktereid vastu võtta. Nii arenes klassifitseerimissüsteem 1970. aastateks välja viis kuningriiki - prokarüootid (bakterid) ja eukarüootid (taimed, loomad, seened, protistid). Eukarüooteid iseloomustab tuumade, tsütoskelettide ja sisemiste membraanide olemasolu nende rakkudes.
1970. aastate lõpus tuvastasid dr Carl Woese ja tema kolleegid Illinoisi ülikoolist mikroorganismide rühma, mille geneetiline ülesehitus erines teistest bakteritest tunduvalt. Nii jagasid nad prokarüootilise elu nn arhaeabakterid ja eubakterid. Hiljem jõudsid nad järeldusele, et "arhaeabakterid" olid piisavalt erinevad, et nad ei oleks üldse bakterid. Nii nimetati rühmad ümber arhaea ja bakterid.
Elupuu, mis näitab kõigi elusorganismide klassifikatsiooni.Nii arhaea kui ka eubakterid on kuju ja suurusega sarnased. Neid mõlemaid võib leida varraste, kookide, spiraalide, plaatide või rullidena.
Arhaea ja bakterite üldine rakustruktuur on sama, kuid mõnede struktuuride koostis ja korraldus on arhaea osas erinevad. Sarnaselt bakteritele pole arhaea sisemembraanid, kuid mõlemal on rakusein ja nad kasutavad ujumiseks flagellat.
Archaea erinevad selle poolest, et nende rakusein ei sisalda peptidoglükaani ja rakumembraan kasutab eetriga seotud lipiide erinevalt bakterite estriga seotud lipiididest.
Archaea flagella arenes välja IV tüüpi bakteriaalsetest piliidest, samal ajal kui bakteriaalne flagella arenes välja III tüüpi sekretsioonisüsteemist. Bakteriaalne lambalääts on nagu õõnes vars, mis on kokku pandud alaühikute kaupa, mis võivad vabalt liikuda keskosas ülespoole, lisades flagella tipule, samal ajal kui archaea puhul lisavad flagella subühikud alusele.
Archaea paljuneda aseksuaalselt binaarse lõhustumise, punkerdamise ja killustumise teel. Eubakterid paljunevad aseksuaalselt binaarse lõhustumise, punkerdamise, killustumise kaudu, kuid eubakteritel on ainulaadne võime eoseid moodustada, et nad püsiksid aastaid uinuvad - seda tunnust Archaea ei eksponeeri. Bakterite kasv toimub kolmes faasis, viivitusfaas, kui rakud kohanevad uue keskkonnaga, logifaas tähistab eksponentsiaalset kasvu ja statsionaarne faas, kui toitained ammenduvad.
Archaea suudab ellu jääda äärmuslikes ja karmides keskkondades, nagu kuumaveeallikad, soolajärved, sood, ookeanid, mäletsejaliste ja inimeste sooled. Eubakterid on üldlevinud ja neid leidub pinnases, kuumaveeallikates, radioaktiivsetes heitvetes, maakoores, orgaanilistes ainetes, taime- ja loomakehades jne.